Suas origens remontam ao início do Século XIX, quando aí se instalaram os fazendeiros José Leite da Cunha e José Júlio Sampaio, cujo desempenho firmou-se no domínio geofísico e no aproveitamento do potencial agroprodutivo, além do apoio subsidiário do criatório.
A primeira manifestação religiosa veio através do padre José Antônio de Araújo, a quem coube a ereção da capela em torno da qual se formaria a povoação. Com a evolução desse primitivo gregamento e o desgaste próprio do tempo, chegou-se ao consenso segundo o qual o nicho deveria ser reformado.
Em Segunda etapa, portanto e ainda com vinculação gerencial dos primitivos fundadores, coube ao pioneiro José Júlio Sampaio a construção de Segunda capela, ao lado da primeira e sem ferir as tradições do padroado. Esse novo templo, cuja estrutura chegaria aos parâmetros da modernidade atual, veio através do padre José Antônio de Maria Ibiapina, porém dedicando-se ao culto do Sagrado Coração de Maria. Coerente com as tradições locais, pelo menos em parte, Ibiapina negou-se ao arbítrio, conservando a antiga denominação.

Distrito criado com a denominação de São Pedro, pelo Ato Provincial de 27-03-1837, subordinado ao município de Milagres.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de São Pedro passou a denominar-se Pedro Segundo.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito já denominado Pedro Segundo figura no município de Milagres.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Pedro Segundo passou a denominar-se Abaiara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, distrito já denominado Abaiara figura no município de Milagres.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Elevado à categoria de município com a denominação de Abaiara pela Lei Estadual n.º 3.921, de 25-11-1957, desmembrado de Milagres. Sede no atual distrito de Abaiara (ex-Pedro Segundo). Constituído do distrito sede. Instalado em 25-03-1959.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 18-VIII-1988.
Pela Lei Municipal n.º 117, de 31-05-1989, é criado o distrito de São José e anexado ao município de Abaiara.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1995 o município é constituído de 2 distritos: Abaiara e São José.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.