A história de ocupação do território do delta do rio Acaraú, pelos índios tremembés, começou antes da chegada dos portugueses à região, no século XVI. Os portugueses fizeram um reconhecimento completo da região, bem como a usaram como base de apoio para a ocupação do litoral e como base de apoio para confrontos militares com os franceses que ocupavam o Maranhão. Deste momento histórico existem várias cartas topográficas datadas dos séculos XVII.
Em 1608, instala-se e fixa-se o primeiro povoamento português desta região, a 'Aldeia do Cajueiro', hoje Almofala, um aldeamento de índios criados por iniciativa dos jesuítas. O início do povoamento e a implementação econômica às margens do Rio Acaraú, no século XVII, aconteceu com a chegada de fugitivos das guerras com os holandeses, oriundos de Pernambuco, Paraíba e Rio Grande do Norte, por meio das entradas dos Sertões de Fora, que iniciaram a instalação da pecuária e a produção do charque na capitania do Ceará.
O primitivo núcleo da Barra do Acaracu serviu de ancoradouro a pequenas embarcações e, depois, passou a chamar-se Porto dos Barcos de Acaracu. É o marco inicial do que mais tarde viria a ser a cidade de Acaraú.
No século XVIII, em 22 de setembro de 1799, o povoado foi elevado à categoria de distrito de Acaracu da vila de Sobral. Já sua elevação à categoria de vila do Acaracu, com o distrito já desmembrado da jurisdição de Sobral, ocorreu em 1849. A fundação do município de Acaraú data de 31 de julho de 1849. O título de município, já com a denominação atual de Acaraú, ocorreu em 1882.

Distrito criado, com a denominação de Acaracu, pela Provisão de 12-09-1766, e por Lei Provincial n.º 253, de 19-11-1842.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Acaracu, pela Lei Provincial n.º 480, de 31-07-1849, sendo desmembrado de Sobral. Com sede na povoação de Acaracu, era constituído do distrito sede em foi instalado em 05-02-1851.
Pela Lei Provincial n.º 1.814, de 22-01-1879, a vila de Acaracu passou a denominar-se Acaraú.
Elevado à condição de cidade, com a denominação de Acaraú, pela Lei Provincial n.º 2.019, de 16-09-1882.
Pelo Decreto Estadual n.º 60, de 06-09-1890, foram criados os distritos de Santa Cruz e São Francisco e anexados ao município de Acaraú.
Em divisão administrativa referente ao ano de 191, o município é constituído de 3 distritos: Acaraú, Santa Cruz e São Francisco.
Pela Lei Municipal n.º 94, de 29-06-1923, foram criados os distritos de Tanque do Meio, Timbaúba e Jericoacoara e anexados ao município de Acaraú.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 5 distritos: Acaraú, Jericoacoara, Santa Cruz, Tanque do Meio e Timbaúba, não figurando o distrito de São Francisco.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município aparece constituído de 6 distritos: Acaraú, Jericoacoara, Santa Cruz, Extremas, Tanque do Meio e Timbaúba.
Pela Lei Estadual n.º 346, de 10-08-1937, o distrito de Tanque do Meio passou a denominar-se Itarema.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito do Estremas foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito de Itarema. Sob o mesmo Decreto, o distrito de Santa Cruz passou a denominar-se Bela Cruz e o distrito de Timbaúba passou a denominar-se Aranaú.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído de 5 distritos: Acaraú, Aranaú, Bela Cruz, Itarema e Jericoacoara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 5 distritos: Acaraú, Aranaú, Bela Cruz, Itarema e Jericoacoara, assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 3.538, de 23-11-1957, é desmembrado do município de Acaraú o distrito de Bela Cruz, elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 440, de 30-12-1958, é criado o distrito de Cruz, com terras dos distritos de Aranaú e Jericoacoara, e anexado ao município de Acaraú.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 5 distritos: Acaraú, Aranau, Cruz, Itarema e Jericoacoara.
Pela Lei Estadual n.º 6.809, de 02-12-1963, é desmembrado do município de Acaraú o distrito de Itarema. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Acaraú, Aranaú, Cruz e Jericoacoara.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, é extinto o município de Itarema, sendo seu território anexado ao município de Acaraú, como distrito.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído de 5 distritos: Acaraú, Aranaú, Cruz, Itarema e Jericoacoara.
Pela Lei Estadual n.º 11.002, de 14-01-1985, são desmembrados do município de Acaraú os distritos de Cruz e Jericoacoara, para constituírem o novo município de Cruz.
Pela Lei Estadual n.º 11.008, de 05-02-1985, é desmembrado de Acaraú o distrito de Itarema, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 2 distritos: Acaraú, Aranau.
Pela Lei Municipal n.º 732, de 14-09-1991, é criado o distrito de Jeritianha e anexado ao município de Acaraú.
Pela Lei Municipal n.º 731, de 14-09-1991, é criado o distrito de Lagoa do Carneiro e anexado ao município de Acaraú.
Em divisão territorial datada de 1995 o município é constituído de 4 distritos: Acaraú, Aranaú, Juritianha e Lagoa do Carneiro. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.