Os primeiros habitantes da região de Aceguá foram indígenas dos campos do Rio Grande do Sul: charruas, guenoas e minuanos. O mais antigo relato histórico remonta a 1660, quando os espanhóis vindos da Banda Oriental penetraram pela serrania de Aceguá e fundaram a redução de Santo André dos Guenoas, em 1683. A próxima notícia histórica sobre a região é de dezembro de 1753, quando exércitos portugueses e espanhóis chegaram às cabeceiras do rio Negro, território hoje pertencente ao Uruguai. Devido à promoção de oficiais que ocorreu durante uma solenidade militar, o local foi denominado Campo das Mercês; nos dias atuais, esse é o ponto de encontro de três distritos do município de Aceguá (Colônia Nova, Minuano e Rio Negro).
A formação da vila do Aceguá, situada na fronteira seca entre Brasil e Uruguai, é resultante do comércio informal entre os dois países. Sua composição étnica é diversificada: dos dois lados da fronteira, descendentes de portugueses, espanhóis, índios e negros formaram o gaúcho. Posteriormente a região recebeu a colonização alemã, proveniente nas comunidades rurais de Colônia Nova, Colônia Médici e Colônia Pioneira, e também a imigração árabe, que dinamizou o comércio local.
O nome Aceguá tem origem na língua tupi: yace-guab tem diversos significados: “lugar de descanso eterno”, indicando o local alto que os indígenas escolhiam para viver seus últimos dias, por proporcionar alentadora visão panorâmica e proximidade com o céu; “terra alta e fria”, apontando as características geográfica e climática do local; e ainda “seios da lua”, em alusão aos cerros altos da serra do Aceguá. No folclore popular da região existe outra explicação: o nome Aceguá derivaria de uma espécie de lobo pequeno, denominado guará ou sorro, abundante na região. Os mercadores que por ali passavam há mais de dois séculos, ao ouvir o uivo dos lobos, diriam: “Hay um bicho que hace guá” (“Há um bicho que faz guá”).

Pela Lei Municipal nº 2, de 12/06/1897, é criado no município de Bagé o distrito de Coxilha Seca.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1º/09/1920, o distrito se denomina Rio Negro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito volta a denominar-se Coxilha Seca.
Pelo Decreto Estadual nº 7.199, de 31/03/1938, o distrito de Coxilha Seca toma a denominação de Aceguá.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o distrito de Aceguá subdivide-se em duas zonas, denominadas Tupi Silveira e Aceguá. Segue figurando no município de Bagé.
Pelo Decreto-Lei Estadual nº 720, de 29/12/1944, o distrito de Aceguá adquire partes dos territórios dos distritos de Hulha Negra (ex-Rio Negro) e Seival, do município de Bagé.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o distrito de Aceguá se compõe de dois subdistritos, Aceguá e Tupi Silveira; permanece no município de Bagé.
Desmembrado de Bagé, Aceguá é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 10.766, de 16/04/1996. O município é instalado em 1º/01/2001, constituído do distrito sede.
Pela Lei nº 03, de 13/12/2003, são criados os distritos de Colônia Nova, Minuano e Rio Negro.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de quatro distritos: Aceguá, Colônia Nova, Minuano e Rio Negro.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.