Na primeira metade do século XIX, Frederico Wilmer, que viria a contrair febre a amarela e morrer em 1851, andou pela região que mais tarde constituiria o município de Afonso Cláudio, procurando ouro. Encontrou-o efetivamente no lugar denominado Lagoa, na fazenda Santo Antônio do Alto Guandu, pertencente a Antônio de Souza Barros. Pouco tempo depois, outro aventureiro enveredou por aquela região, chegando a construir rancho no local onde hoje está o Jardim Público da cidade.
Em seu desbravamento, foi ter à casa de Antônio de Souza Barros, a quem conseguiu entusiasmar com a descrição das terras férteis que percorrera. Seja em razão dessas narrativas, ou porque já tivesse isso em mente, o fato é que, em 1876, Souza Barros foi até a cabeceira do rio Guandu, no atual distrito de Boa Sorte. Já em fins de 1883, algumas famílias que então residiam às margens do Ribeirão Lagoa se mudaram para o lugar denominado “Arrependido”, que distava cerca de 5 quilômetros da atual cidade. Iniciaram aí a construção de uma capela e, mais tarde, de um cemitério.
Citam-se entre estas famílias as de Inácio Gonçalves Lamas, Jorge Guilherme Gomes, Coimbra de Oliveira e outros. Entretanto, esses pioneiros pouco tempo ali permaneceram, transferindo-se para o local onde hoje fica a parte norte da cidade, de propriedade de Eugênio Silva, que recebera o direito de posse de José Gabril.
Em 1885, Sabino Coimbra, Inácio Lemos, Jorge Gomes e Joaquim Galvão lançaram os fundamentos da povoação, construindo as primeiras casas. Esse povoado foi batizado com o nome de Alto Guandu e progrediu rapidamente.
Os primeiros caminhos carroçáveis que viriam a incrementar seu desenvolvimento, ligando-o às localidades vizinhas, foram construídos por Inácio Gonçalves com o auxílio dos indígenas.
Por essa época, os habitantes do lugar estavam ainda sob a jurisdição de Porto do Cachoeiro de Santa Leopoldina. Em 28 de novembro de 1890, foi criado o município. À sede do novo município foi dado o nome de Afonso Cláudio, republicano e jurisconsulto espírito-santense, que havia sido o primeiro governador do Estado do Espírito Santo.
A criação do município muito se deve aos republicanos afonsos-claudenses Inácio Gonçalves Lamas, Sabino Coimbra de Oliveira, Antônio Cândido de Almeida Rosa, Adolfo Rodrigues Gomes, Eugênio Pereira da Silva, Guilherme Gomes, Ramiro de Barros Conceição, entre outros, sobre os quais repousam as glórias da propaganda da república no povoado de Alto Guandu, o que acabou influenciando em sua emancipação e, consequentemente, na criação do município de Afonso Claudio.

Distrito criado com a denominação de Afonso Cláudio, por Lei Provincial n.º 24 de 17-09-1888 e pela Lei Municipal n.º 1, de 16-03-1891, subordinado ao município de Cachoeira de Santa Leopoldina.
Elevado à categoria de Vila com a denominação de Afonso Cláudio, pela Lei Estadual n.º 53, de 20-11-1890, desmembrado de Cachoeira de Santa Leopoldina.
Sede na Vila de Afonso Cláudio. Constituído do distrito sede. Instalado em 20-01-1891.
Pela Lei Municipal n.º 1, de 16-03-1891, são criados os distritos de Figueira e Boa Família anexado ao município de Afonso Cláudio.
Por Decreto Estadual n.º 33, de 21-09-1891, é transferida a sede de Vila Afonso Cláudio para a povoação de Santa Joana.
Por Decreto Estadual de 18-01-1892, é restabelecida a sede com a denominação de Afonso Cláudio.
Elevado a cidade por Lei Estadual n.º 488, de 22-11-1907.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 3 distritos: Afonso Cláudio, Figueira e Boa Família.
Pela Lei Estadual n.º 1.012, de 30-10-1912, é criado o distrito de Laranja da Terra e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Estadual n.º 978, de 28-11-1914, são desmembrados do município de Afonso Cláudio os distritos de Boa Família e Figueira para formar o novo município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Estadual n.º 933, de 06-12-1913 e por Lei Estadual n.º 1.012, de 30-10-1915 é criado o distrito de Serra Pelada e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 6 distritos: Afonso Cláudio, Boa Sorte, Bom Jesus, Laranja da Terra, Rio do Peixe e Serra Pelada.
Pela Lei Estadual n.º 1.360, de 16-03-1923, é criado o distrito de São Domingos e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Estadual n.º 1.381, de 04-07-1923, é criado o distrito de Taquaral e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Estadual n.º 1.739, de 11-01-1930, é criado o distrito de Brejaúba e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 9 distrito: Afonso Cláudio, Boa sorte, Bom Jesus, Brejaúba, Laranja da Terra, Rio do Peixe, Serra Pelada, São Domingos e Taquaral.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, o distrito de Brejaúba passou denominar-se Brejetuba, São Domingos a denominar-se Ibicaba, Taquaral a denominar-se Joatuba, Rio do Peixe a denominar-se Picarema, Boa Sorte a denominar-se Pontões e Bom Jesus a denominar-se Sobreiro.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 9 distritos: Afonso Cláudio, Brejetuba, Ibicaba, Joatuba, Laranja da Terrra, Piracema, Pontões, Serra Pelada e Sobreiro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 9 distritos: Afonso Cláudio, Brejetuba, Ibicaba, Joatuba, Laranja da Terra, Piracema, Pontões, Serra Pelada e Sobreiro.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 4.068, de 06-05-1988, são desmembrados do município de Afonso Cláudio, os distritos de Laranja da Terra, Joatuba e Sobreiro para formar o novo município de Laranja da Terra.
Pela Lei Estadual n.º 4.072, de 11-05-1988, é criado o distrito de Fazenda Guandu e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Estadual n.º 1.294, de 30-11-1992, é criado o distrito de São Francisco Xavier do Guandu e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Pela Lei Municipal n.º 1.295, de 30-11-1992, é criado o distrito de São Jorge de Oliveira e anexado ao município de Afonso Cláudio.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1995, o município é constituído de 9 distritos: Afonso Cláudio, Brejetuba, Fazenda Guandu, Ibicaba, Piracema, Pontões, São Francisco Xavier do Guandu, São Jorge de Oliveira e Serra Pelada.
Pela Lei Estadual n.º 5.146, de 15-12-1995, são desmembrados do município de Afonso Cláudio os distritos de Brejetuba e São Jorge de Oliveira para formar o novo município de Brejetuba.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído de 7 distritos: Afonso Cláudio, Fazenda Guandu, Ibicaba, Piracema, Pontões, São Francisco Xavier do Guandu e Serra Pelada.
Em divisão territorial datada de 2007, o município é constituídos de 9 distritos: Afonso Cláudio, Fazenda Guandu, Ibicaba, Mata Fria, Piracema, Pontões, São Francisco Xavier do Guandu, São Luís de Boa Sorte e Serra Pelada.
Assim permanecendo em divisão territorial de 2017.