A descoberta da primeira fonte de “Águas da Prata” é atribuída ao acaso. Em 1876, Rufino Luiz de Castro Gavião observou que na Fazenda do Coronel Gabriel Ferreira, situada no município de São João da Boa Vista, havia um veio d'água, às beiras do Ribeirão da Prata, que era muito procurado pelos animais, que ali iam mitigar sua sede, em vez de fazê-lo nas águas do Ribeirão. Intrigado com o fato, provou, Rufino Luiz de Castro Gavião, as águas do pequeno veio. Viu, desde logo, que se tratava de água mineral, com pronunciado sabor de bicarbonato.
Em 1866, a inauguração do ramal da Companhia Mogiana de Estrada de Ferro, ligando Cascavel (atualmente município Aguaí) a Poços de Caldas, despertou o interesse dos cafeicultores da região para a estação de embarque da ferrovia no vale banhado pelo Ribeirão da Prata e o Córrego da Platina, que passaram a construir suas residências junto à estação, nascendo então um povoado.
A vocação para Estância Hidromineral consolidou-se quando químicos do Departamento Geográfico e Geológico do Estado, pesquisando a região, fizeram prospecção das fontes, comprovando a viabilidade da exploração econômica de sua mineração. Em 1876 foi instalada a primeira engarrafadora de água no então bairro de São João da Boa Vista, que passou a Distrito em 1926 com denominação de estância hidromineral, obtendo sua emancipação político administrativa em 1935. Criou-se em 1913, uma empresa para o fim em questão, fazendo com que surgissem hotéis e toda infra-estrutura necessária.
A origem do nome vem de uma corruptela do tupi-guarani “Pay tâ” que ao ser pronunciada pelos portugueses tornou-se “Prata” “Pay tâ” que quer dizer em tupi-guarani “água dependurada” em virtude da alta mineralização das águas que ao escorrerem próximas as minas formam estalactites.

Distrito criado com a denominação de Estância Hidromineral de Águas da Prata (ex-povoado de Prata), pela Lei Estadual n.º 2.093, de 23-12-1925, subordinado ao município de São João da Boa Vista.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Estância Hidromineral de Águas da Prata, figura no município de São João da Boa Vista.
Elevado à categoria de município com a denominação Águas da Prata, pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.277, de 03-07-1935, desmembrado de São João da Boa Vista. Sede no atual distrito Águas da Prata (ex-Estância de Hidromineral de Águas da Prata). Constituído de distrito sede. Instalado em 16-12-1935.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município já denominado de Águas de Prata é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo no quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é criado o distrito de São Roque da Fartura e anexado ao município de Águas da Prata.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Águas da Prata e São Roque da Fartura.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.