No ano de 1896 o topógrafo e agrImensor Felippe Schell Loureiro, enquanto inspecionava terras nos estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, Paraná, descobriu aqui uma fonte de água mineral.
Na época da Revolução Federalista, em busca de um local seguro, longe dos revolucionários, vieram para cá, navegando nas águas do Rio Uruguai, os primeiros colonizadores atraídos pela fauna abundante e pela fonte de águas termais. Ao lugarejo deram o nome de Vila Aurora, em homenagem a mãe do descobridor. Estes primeiros colonizadores eram descendentes de Italianos, oriundos do Rio Grande do Sul.
A história do município perpassa pela história da fonte de águas termais. Em 1934 a família proprietária aluga a exploração da fonte. Constrói-se um pequeno balneário de madeira, coberto de tábua lascada, com banheiras improvisadas feitas de cedro escavado. Na década de 40 o pequeno balneário de madeira foi substituído por outro em alvenaria. Nesta época inicia-se a construção de hotéis na vila e junto a outra fonte de água mineral fria, onde hoje é a comunidade de Águas Frias.
O surgimento dos hotéis impulsionou a construção do terceiro balneário, no inicio dos anos 50. Nos anos 60 começa decadência do turismo no município. Em meados de 65 constrói-se o quarto balneário, mais simples, no local onde estavam construídos os anteriores. O turismo começa a reascender com a estruturação do novo balneário. Mas foi em meados da década de 80 que houve um rápido crescimento de turistas. Nos anos 90 o turismo mostra-se como uma alternativa viável e ressurgem os hotéis e constrói-se cabanas, criando espaços para melhor acomodar o turista.

Distrito criado com a denominação de Águas de Xapecó, pela Resolução Municipal s/n, desmembrado do distrito de Caxambu, subordinado ao município de Chapecó.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Águas de Xapecó figura no município de Chapecó.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Elevado à categoria de município com a denominação de Águas de Chapecó, pela Lei Estadual n.º 866, de 14-12-1962, desmembrado de Chapecó. Sede no antigo distrito de Águas de Chapecó. Constituído do distrito sede. Instalado em 26-01-1963.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.