Águas de Lindóia surgiu da aventura de um jovem médico italiano, o Dr. Francisco Tozzi, nascido em 1870 na cidade de Benevento, província de Nápoles. Francisco Tozzi, que foi secretário da Saúde de Milão, aceitou o convite de um amigo italiano, pároco da cidade de Socorro, para vir morar no Brasil e prestar assistência médica. O Dr. Tozzi chegou em 1900 a Socorro, cidade do interior de São Paulo.
Em 1909, o Dr. Tozzi, fundador de Águas de Lindóia, soube da história de um padre da cidade de Lyndoia, vizinha à Serra Negra e Socorro, que havia sido curado de um eczema de pele utilizando as águas que jorravam a 28 graus de um morro denominado 'Águas Quentes'. Após mandar analisar aquela água e confirmar suas propriedades curativas, o Dr. Tozzi adquiriu as terras ao redor das fontes e iniciou em 1910 a construção das Thermas de Lindoya.
As Thermas de Lindoya, construídas a partir de 1910, eram formadas por três grandes casas, cada uma delas com um refeitório e quartos enfileirados unidos por um corredor. Apesar da estrutura simples, as construções receberam nomes pomposos: Hotel Senado, Hotel Catete e Hotel Câmara. O Senado recebia os clientes mais pobres, enquanto que o Catete era o que mais se assemelhava a um hotel, recebendo os clientes de melhor posição.
A construção das Thermas de Lindoya, em um local muito distante para as condições de transporte da época (1910), fez com o Dr. Tozzi precisasse prover os operários de condições mínimas de subsistência. Desta forma nasceram as primeiras ruas, armazéns, casas, farmácia, escola e consultório médico. O Dr. Tozzi mudou-se com a família para o novo povoado em 1914.
As histórias de cura realizadas pelas Thermas de Lindoya ganharam o Brasil, atraíam cada vez mais pessoas e propiciaram o início do engarrafamento de água mineral, em 1916. Além de adquirida pelos clientes das Thermas de Lindoya, a água era enviada à Serra Negra em carroças por um produtor de vinho da região, e de lá seguia para outras cidades.
Em 1929 surgia o Hotel Glória (hoje, Grande Hotel Glória). O novo hotel mudou a rotina do lugar realizando sofisticados bailes com música ao vivo que terminavam precisamente às 22 horas, por ordem expressa do Dr. Tozzi e em prol da saúde dos hóspedes.
Uma lenda popular diz que os primeiros a usarem para tratamento as águas de Águas de Lindóia foram os tropeiros do século XIX, que descobriram incríveis poderes cicatrizantes. Os tropeiros teriam espalhado essa notícia por outros estados, atraindo os primeiros turistas. Havia quem dissesse que o que curava não eram as águas, mas sim um enorme sapo que morava próximo às fontes e ajudava a curar os doentes que delas bebiam e se banhavam.

Distrito criado com a denominação de Águas de Lindóia (ex-povoado de Termas de Lindóia), pelo Decreto n.º 6.501, de 19-06-1934, subordinado ao município de Serra Negra.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o distrito de Águas de Lindóia, figura no município de Serra Negra.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Águas de Lindóia pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, desmembrado de Serra Negra. Sede no antigo distrito de Águas de Lindóia. Constituído de 2 distritos de Águas de Lindóia e Lindóia, sendo que o município Lindóia foi extinto passando o seu território à condição de distrito do município de Águas de Lindóia. Instalado em 01-01-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Águas de Lindóia e Lindóia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada em 01-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.o 8.092, de 28-02-1964, é desmembrado do município de Águas de Lindóia o distrito de Lindóia. Elevado à categoria de município com sede na vila de igual nome e com território desmembrado do respectivo distrito e do distrito da sede do município de Águas de Lindóia.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.