As terras do antigo Distrito de São Domingos, no território de Botucatu, criado em 1858, e transferido para o Município de Lençóis em 1868, para as margens do rio Pardo, foram doadas por diversos moradores, dentre eles o Capitão Apiaí (Pedro Dias), considerado um dos fundadores de Santa Bárbara do Rio Pardo.
O novo povoado foi chamado Santa Bárbara, em função da Padroeira, cuja imagem foi trazida de Minas Gerais pelos primeiros moradores, as famílias Dias Batistas e Marques do Vale e, mais tarde, Santa Bárbara do Rio Pardo, devido à sua localização.
Em 1978, foi alterada a denominação do Município para Águas de Santa Bárbara.
Reconhecida a alcalinidade de suas águas radioativas,foi enquadrada como Estância Hidromineral.

Distrito criado com a denominação de São Domingos, por Lei Provincial n.º 27, de 20-
04-1858, subordinado ao município de Botucatu.
Pela Lei n.º 56, de 16-1868, transfere o distrito de São Domingos do município de Botucatu para o de Lençóis.
Pela Lei Provincial n.º 41, de 16-04-1874, o distrito de São Domingos tomou o nome de Santa Bárbara do Rio Pardo.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Bárbara do Rio Pardo, pela Lei Provincial n.º 82, de 03-04-1876, desmembrado de Lençóis. Sede na vila de Santa Bárbara do Rio Pardo. Constituído do distrito sede.
Elevado à categoria de cidade com a denominação de Santa Bárbara do Rio do Pardo, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Em divisão administrativa referente ano de 1911, o município de Santa Bárbara do Rio Pardo é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 1.855, de 30-12-1921, é criado o distrito de Monção e anexado ao município de Santa Bárbara do Rio Pardo.
Segundo a divisão administrativa referente ao ano de 1933, e as territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o referido município é constituído de 2 distritos de Santa Bárbara do Rio Pardo e Monção.
No quadro fixado parra vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Santa Bárbara do Rio Pardo e Monção.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito de Monção passou a denominar-se Iaras e foi transferido do município de Santa Bárbara do Rio Pardo para o de Avaré.
No quadro fixado parra vigorar no período de 1944-1948, município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 01-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 1.671, de 01-06-1978, altera a denominação de Santa Bárbara do Rio Pardo para Águas de Santa Bárbara.
Pela Lei Estadual n.º 6.645, de 09-01-1990, desmembra do município de Águas de Santa Bárbara o distrito de Iaras. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito Sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.