Alambarí pertencia ao município de Itapetininga em 1820. Naquela época o Major Domingues Afonso, residente em Itapetininga, seguia viagem para Guaratinguetá acompanhado de sua esposa e de seu filho menor de nome Afonso. Ao atravessar um lajeado, o pequeno Afonso caiu do animal em que viajava, fraturou o crânio, ficando desacordado por muitas horas. Domingos Afonso e sua esposa comprometeram-se então em construir uma capela sob a invocação do Senhor Bom Jesus de Alambari, caso o filho recobrasse os sentidos. Logo a criança ficou restabelecida, permitindo assim que a caravana prosseguisse. Mais tarde os pais de Afonso internaram-no em um colégio na cidade de Itu, recomendando-o ao Padre Elias do Monte Carmelo.
Concluindo os estudos preparatórios, por volta de 1830, Afonso seguiu para São Paulo, onde matriculou-se no seminário. Após ser ordenado sacerdote, voltou o jovem Afonso para Itapetininga. Enquanto isso, Domingos Afonso e sua mulher, seus pais, não esqueceram a promessa feita, e deram andamento a construção da capela no lugar onde Afonso caíra há anos. Para o levantamento das paredes foi contratado o seu primo Joaquim da Fonseca, sendo que o madeiramento e cobertura, ficou sob a responsabilidade de Antonio Lopes Seabra. Desejando que seu filho desempenhasse as funções eclesiásticas na capela em construção, Domingos Afonso e sua mulher construíram uma casa nas proximidades da mesma, onde passaram a residir.
A capela de Alambari só foi construída em 1842, e o branqueamento da parte externa iniciou-se a 7 de janeiro de 1843, pelo mestre Thomé Thadeu Aires, contratado por João de Moura, primeira autoridade policial da já então povoação. Entretanto, por uma fatalidade, o Padre Afonso não chegou a residir em Alambari, pois foi atacado de uma pertinaz moléstia e veio a falecer. O primeiro vigário que chegou a Alambarí foi o Padre Isidoro de Campos, natural de Porto Feliz, que ali residiu durante alguns anos.
Com o aumento rápido da população do referido povoado, devido a chegada de famílias vindas de Jacareí, Sorocaba e de outros pontos da província, as pessoas influentes do lugar, trabalhando pela sua prosperidade, requereram e obtiveram da Assembleia Provincial que a povoação de Alambarí fosse elevada à categoria de Freguesia. O padroeiro do município é o Senhor Bom Jesus, cuja comemoração é realizada no dia 6 de agosto.

Provisão de 09-09-1846 erige a capela do Senhor Bom Jesus do Alambari no município de Itapetininga.
Elevada a curada a capela do Senhor Bom Jesus do Alambari, em 13-07-1848. Distrito criado com a denominação de Alambari (Alambary), pela Lei Provincial n.o 7, de 12-12-1861, subordinado ao município de Itapetininga.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, figura no município de Itapetininga o distrito de Alambari (Alambary).
Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Alambari permanece no município de Itapetininga.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Alambari permanece no município de Itapetininga.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Elevado à categoria de município com a denominação de Alambari, pela Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, desmembrado do município de Itapetininga, Sede no antigo distrito de Alambari. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1999, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.