Os primeiros habitantes da região de Alegria foram índios denominados de “queixo furado”. Através do orifício feito no queixo, conta-se que eles assoviavam muito forte, e que os seus diferentes tipos de assovio podiam ser ouvidos a uma distância superior a duas léguas.
Francisco Correa Taborda, alferes da Guerra dos Farrapos, recebeu uma área de terras de cerca de 18 x 21 km na região do Inhacorá e ali se estabeleceu. Quando, após conflitos com os indígenas, transferiu-se para a região de Cruz Alta, dividiu a terra entre seus dois filhos, João Correa Taborda e Vicente Taborda.
Conta-se que em certa ocasião travou-se uma grande batalha que durou vários dias entre os índios e os colonizadores da casa de Vicente Taborda. Em comemoração à vitória, Vicente hasteou uma bandeira, dando origem ao nome que seria dado àquele local: Rincão das Bandeiras. Seu irmão João, ao saber do acontecimento, teria organizado o “Baile da Alegria”.
A história também conta que, já por volta de 1920, chegaram os primeiros agricultores alemães, vindos da chamada “colônia velha” de Montenegro, que se juntaram na região aos colonizadores poloneses, oriundos de Ijuí.
Segundo os moradores mais antigos, há outras duas versões para a origem do nome da cidade de Alegria além daquela que remete ao baile organizado por João Taborda. Em uma delas, o primeiro subprefeito de Vila Alegria, Francisco Rolim de Moura, organizou uma festa para o seu aniversário. Conta-se que a festa foi muito animada, todos dançaram e cantaram a noite inteira, e várias vezes o subprefeito exclamou: “Que alegria, que alegria, que alegria temos hoje aqui! Viva a nossa alegria!”. Logo os relatos da festa se espalharam e os moradores da região passaram a se referir ao local por “Alegria”. Na terceira versão, o doutor Vité, engenheiro civil da Comissão de Terras de Santa Rosa, constatou, ao realizar trabalhos na região, que os moradores eram muito alegres, animados, e frequentemente se reuniam para conversar e tomar o tradicional chimarrão. Afetado por essa boa impressão, sugeriu que dessem o nome de Alegria à localidade.

Distrito criado com a denominação de Rincão da Alegria pela Lei Municipal nº 7, de 22/10/1959, subordinado ao município de Três de Maio.
Com a denominação de Alegria, o distrito é desmembrado de Três de Maio e elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 8.502, de 31/12/1987. O município é instalado em 1º/01/1989, constituído de dois distritos: Alegria e Espírito Santo.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2017.