A penetração no Vale do Jequitinhonha teve início no séc. XVI e obedeceu ao que se pode chamar de determinismo histórico da colonização pelo Europeu quando algumas expedições exploradoras foram organizadas para avançarem os sertões e descobrirem novas riquezas e assim manterem sua sobrevivência na comunidade européia. A expedição de Francisco Bruza Espinosa (1553/1554), acompanhada do jesuíta padre Aspilcueta Navarro, foi a primeira a penetrar nas terras do Jequitinhonha. A entrada de Espinosa-Navarro, acompanhando o Rio Jequitinhonha, chegou à Serra do Espinhaço, na região do Serro, Diamantina e Minas Novas, alcançando também a foz do Rio, no município de Belmonte. Outra expedição, a de Sebastião Fernandes Tourinho (1573), encorajada pelas notícias das potencialidades do solo e da existência de jazidas de esmeraldas, partiu em busca de minerais, passando pelo rio Araçuaí. Tourinho recolheu turmalinas, crisólitas, safiras, topázios, berilos e águas marinhas. No ano seguinte, a expedição de Antônio Dias Adorno subiu o Rio Jequitinhonha e no solo do vale do Araçuaí colheu pedras e minérios que revelavam a existência de metais preciosos.
Os indígenas que habitavam o norte e nordeste mineiro eram pertencentes aos grupos Ge ou Tapuias que originaram os Pataxós e os Machacalis, ligados aos aimorés e que povoavam o Espírito Santo, Bahia e Minas Gerais. Grande parte desses indígenas que habitavam os sertões mineiros foi denominada de Tocoiós e de Botocudos (denominação devido ao uso de botoques nos lábios inferiores) e esses últimos, habitavam toda a extensão do baixo Jequitinhonha, inclusive nas margens do Córrego Água Branca. No confronto com as expedições, tribos inteiras de índios eram exterminadas e os prisioneiros eram escravizados e obrigados a viverem em constante mobilidade. Somente no final do séc. XVII, com a descoberta do ouro em Vila Rica e redondezas, as expedições se dirigiram para aquelas paragens e o vale do Jequitinhonha caiu no esquecimento.
A primeira descoberta de ouro, no final do século XVII, processou-se na cidade do Serro, atraindo multidões de garimpeiros. Nas regiões próximas - Diamantina, Minas Novas, Grão Mogol e em outras áreas - foram instalados os primeiros núcleos de mineiros. Os mineradores vasculharam os leitos dos rios e seus afluentes, obtendo riqueza fácil. A formação de vilas, povoados e pequenas cidades veio a seguir. Nessa ocasião, a exploração mineral ainda era processada horizontalmente, através de veios superficiais.
No início séc. XIX a Coroa Portuguesa resolveu fazer novas investidas, buscando o alargamento e controle de fronteiras. Foi em uma dessas expedições enviadas pela Cora que o Alferes Julião Fernandes Leão Taborda Gato e seus sessenta soldados chegou na foz com o Rio Jequitinhonha de um córrego que ele passou a chamar de São Miguel devido ao dia da sua chegada, 29 de setembro de 1811. Deu-se início as tentativas de dominação de indígenas que não foram bem sucedidas e o combate foi necessário para a posse de terras e assentamentos para o cultivo da pecuária e agricultura. Há registros no livro “Impressões de Viagem de Belmonte à Vila de Jequitinhonha” de autoria de Eduardo Santos Maia datado de 1917, que um padre espanhol de nome João Aspicueta também já havia tentado, sem sucesso, a catequização dos índios botocudos e pataxos. Coube ao Frei Domingo Casallis, que acompanhava a expedição do Alferes, tal missão.
O médio Jequitinhonha, no setor Oriental era coberto por uma floresta Atlântica. Nos primeiros anos do século XVII o Alferes Julião Fernandes, comandando a Sétima Divisão Militar, promoveu sua ocupação e iniciou o combate às tribos indígenas em busca de terras propícias às pastagens. Os soldados limparam a área à mão armada. Os vaqueiros derrubaram a floresta. Em seu lugar surgiu o capim colonião, apascentando vacas e bois que se multiplicaram geometricamente. No início do século, era intenso o comércio entre a Vila de Belmonte, na Bahia, e Minas Novas, em Minas Gerais, através do rio Grande de Belmonte, o atual Jequitinhonha. Para proteção contra os ataques de contrabandistas e indígenas, o Alferes Instalou postos de vigia ao longo do Rio Jequitinhonha. Foi instalado o Quartel de São Miguel – atual cidade de Jequitinhonha, o Quartel de Água Branca – atual cidade de Joaima, o Quartel do Salto Grande – atual cidade do Salto da Divisa, e o Quartel da Vigia, atual Almenara.
Almenara, cujo topônimo, vindo da língua árabe, significa “farol”, cumpriria a destinação histórica que lhe era peculiar. De Belmonte, na foz do Jequitinhonha, na Bahia, até as nascentes do Rio, o Posto da Vigia, ou hoje, simplesmente, Almenara, mero posto de aquartelamento de tropas e sentinela avançada à margem direta do Jequitinhonha, estrategicamente localizado numa colina, tornou-se, nas eras antigas, o reduto inexpugnável para vigilância e combate de contrabando de pedras e ouro, garantindo também a segurança de populações que para ali iam se deslocando, à medida que a colonização progredia em todo o Vale.
Os postos de aquartelamento de tropas e sentinela avançada, os simplesmente os Quartéis, já mencionados, como o núcleo de fundação da cidade de Almenara e de outras localidades ribeirinhas, próximas umas das outras, tiveram na lendária 7ª Divisão Militar, sob o comando do alferes Julião Fernandes Leão, os momentos iniciais de sua formação. Julião Fernandes Leão, o alferes do Jequitinhonha, moldaria, por assim dizer, no primeiro instante de existência das referidas localidades, o barro mítico e, pelos tempos afora, os postos avançados, localizados ao longo dos Rio que, defendidos valentemente pelos soldados do alferes, tornar-se-iam, cada um de per si, nos grandes municípios que hoje conhecemos: Almenara, Jequitinhonha, Joaima, Itinga e Salto da Divisa.
Sob ordens da 7ª Divisão Militar, postos avançados foram construídos ao longo das margens do Jequitinhonha, dando origem a núcleos habitacionais ribeirinhas que posteriormente tornaram-se distritos e cidades que distam entre si, aproximadamente, 50 quilômetros lineares.``
Logo no início dos anos setenta do século XIX, era a família Ferreira Souto a única que, no local da atual cidade, possuía uma propriedade, que no ano de 1874, foi vendida aos Srs. João Pedro de Oliveira Lages, João Antônio Cabacinha e Napoleão Fernandes Prates. Em 1875, chegaram a Vigia (atual Almenara) duas numerosas famílias, a de José Brandão e a de José Rodrigues, enviadas por João Antônio Cabacinha, para que fossem hospedadas em sua fazenda.
São os troncos de famílias pioneiras de Almenara, que foram sendo reforçadas, gradativamente, durante a segunda metade do século XIX. A história foi se fazendo ao longo das décadas iniciais na mesma margem ribeirinha, desde a sua fundação. O Posto da Vigia, instalado à margem direita do Rio, foi o primeiro marco de Almenara, conforme as linhas de sua história. Somente após transcorridos sete décadas do século XIX, iniciou-se a ocupação da outra margem do Rio Jequitinhonha, onde se faz, a rigor, o núcleo populacional moderno de Almenara. A cidade deve, em grande parte, o progresso que desfruta a iniciativa particular, ajudada pela fertilidade do seu solo.

Distrito criado com a denominação de Vigia, pela Lei Provincial n.º 3.442, de 26-09-1887 e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Vigia figura no município de São Miguel do Jequitinhonha.
Pela Lei Estadual n.º 622, de 18-09-1914, o município de São Miguel do Jequitinhonha tomou o nome de Vila Jequitinhonha e o distrito de Vigia a chamar-se São João do Vigia.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o distrito de São João do Vigia figura no município Vila Jequitinhonha (ex-São Miguel de Jequitinhonha).
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, o município de Vila Jequitinhonha tomou o nome de Jequitinhonha.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de São João do Vigia figura no município de Jequitinhonha (ex-vila de Jequitinhonha).
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Elevado à categoria de município com a denominação de Vigia, pela Lei Estadual n.º 58, de 12-01-1938, desmembrado de Jequitinhonha. Sede no atual distrito de Vigia (ex-São João do Vigia). Constituído de 7 distritos: Vigia, Bandeira, Jacinto, Palestina, Pedra Grande, Rubim e Salto Grande, todos desmembrados de Jequitinhonha. Instalado em 06-03-1938.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 7 distritos: Vigia, Bandeira, Jacinto, Palestina, Pedra Grande, Rubim e Salto Grande.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, o município de Vigia passou a denominar-se Almenara. Os distritos de Jacinto, Jordânia (ex-Palestina) e Salto da Divisa (ex-Salto Grande) são desmembrados do município de Almenara para formar o novo município de Jacinto, através do Decreto-lei supracitado. O distrito de Rubim também é desmembrado do município de Almenara, elevando-se à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Almenara, Bandeira e Pedra Grande.
Pela Lei Estadual n.º 1.039, de 12-12-1953, são criados os distritos de Divisópolis e Mata Verde e anexados ao município de Almenara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 5 distritos: Almenara, Bandeira, Divisópolis, Mata Verde e Pedra Grande.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 2.764, de 30-12-1962, é desmembrado do município de Almenara o distrito de Bandeira. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 4 distritos: Almenara, Divisópolis, Mata Verde e Pedra Grande.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Estadual n.º 1.074, de 27-04-1992, são desmembrados do município de Almenara os distritos de Divisópolis e Mata Verde, ambos elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 2 distritos: Almenara e Pedra Grande.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2022.