O município de Alto Araguaia inicialmente chamava-se Santa Rita do Araguaya, denominação em referência à santa de devoção e ao Rio Araguaia, que margeia a sede municipal e ao mesmo tempo serve de marco divisório com o vizinho Estado de Goiás, onde também existia uma povoação com o mesmo nome; uma goiana, na margem direita, e outra mato-grossense, na margem esquerda. Ambas formavam como que uma só unidade física.
Em 31 de janeiro de 1911, foi criada em Santa Rita do Araguaya a primeira escola mista da povoação. Já a primeira escola primária só foi montada no ano de 1915, mas a resolução que criou o município de Santa Rita do Araguaya, sendo seu primeiro Intendente o major Carlos Hugueney, só aconteceu em 1921.

Distrito criado com a denominação de Santa Rita do Araguaia, pela Lei Estadual n.º 696, de 12-06-1915, subordinado ao município de Registro do Araguaya, (mais tarde Araguaiana).
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Rita do Araguaia, pela Resolução Estadual n.º 837, de 25-10-19121, desmembrado do município Registro do Araguaya. Sede na antiga vila de Santa Rita do Araguaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-09-1922.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Santa Rita do Araguaia, pelo Decreto Estadual n.º 891, de 04-01-1930.
Pelo Decreto-Lei n.º 222, de 03-02-1933, é criado o distrito de São Vicente Bonito e anexado ao município de Santa Rita do Araguaia.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Santa Rita do Araguaia e São Vicente Bonito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1936, o município Santa Rita do Araguaia tem sua sede localizada em Lajeado e aparece com 7 distritos: Lajeado (sede), Alcantilado, Balisa, Bonito, Cassununga, Santa Rita do Araguaia e Ribeirãozinho.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1937, o município aparece constituído de 9 distritos: Lajeado (sede), Alcantilado, Balisa, Bonito, Cassununga, Itiquira Santa Rita do Araguaia, Ribeirãozinho e Tesouro.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 145, de 29-03-1938, o município de Santa Rita do Araguaia tomou o nome de Lajeado.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 208, de 26-10-1938, o município de Lajeado tomou a denominação de Alto Araguaia e o distrito de São Vicente de Bonito passou a denominar-se São Vicente.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 8 distritos: Alto Araguaia (ex-Lajeado), Alcantilado, Cassamunga, Itiquira, Ribeirãozinho, Santa Rita do Araguaia, São Vicente (ex-São Vicente do Bonito) e Tesouro.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 545, de 31-12-1943, é criado o distrito de Ponte Branca com território do extinto distrito de Ribeirãozinho. O Decreto-lei acima altera a denominação do distrito de São Vicente para Alto Garças. E ainda transfere o distrito de Ancantilado do município de Alto Araguaia para o de Guiratinga.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Alto Araguaia, Itiquira e Ponte Branca.
Pela Lei Estadual n.º 652, de 10-12-1953, é desmembrado do município de Alto Araguaia o distrito de Ponte Branca. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 660, de 10-12-1953, é desmembrado do município de Alto Araguaia o distrito de Alto Garças. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 654, de 10-12-1953, é desmembrado do município de Alto Araguaia o distrito de Itiquira. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 664, de 10-12-1953, é desmembrado do município Alto Araguaia os distritos de Tesouro e Cassamunga para constituir o novo município de Tesouro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 1.118, de 17-10-1958, é criado o distrito de Taquari (ex-povoado) e anexado ao município de Alto Araguaia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Alto Araguaia e Taquari.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 4.386, de 16-11-1981, é criado o distrito de Buriti e anexado ao município de Alto Araguaia. Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 3 distritos: Alto Araguaia, Buriti e Taquari.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1995.
Pela Lei Estadual n.º 4.993, de 13-05-1996, é desmembrado do município de Alto Araguaia o distrito de Taquari. Elevado à categoria de município com a denominação de Alto Taquari.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: Alto Araguaia e Buriti.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.