Em 1615, reunidos sob a mesma bandeira, portugueses e espanhóis expulsaram os franceses do Maranhão e voltaram seus esforços para a Amazônia e Guiana. No ano seguinte, foi fundado o fortim do Presépio, um posto avançado contra invasões. Em 1647, foram vencidos os últimos grupos batavo-britânicos. Restavam ainda os franceses, alojados nas terras da Capitania do Norte, criada pela Corte de Madri, em 1637, em luta contra portugueses e brasileiros. As lutas se sucederam até que um corpo de voluntários paraenses apossou-se da Guiana Francesa em 1808, só restituída em 1817.
Seguiram-se tempos de paz até a descoberta das minas de Calçoene por garimpeiros paraenses em 1893. Nessa época reacenderam os problemas políticos de fronteira. Tropas francesas desembarcaram em 1895 na pequena vila de Amapá e os brasileiros reagiram, repelindo a invasão.
O fato levou as nações interessadas a colocar o problema pendente de solução nas mãos de árbitros e a escolha recaiu no presidente da República Helvética. Em 21 de janeiro de 1901, após o laudo favorável de Berna, de 1° de dezembro de 1900, o governo brasileiro procurou organizar a região, com o nome de Território de Aricari. O município originou-se da incorporação ao Estado do Pará de todo o antigo Contestado do Amapá, em 1901.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Amapá, pela Lei Estadual n.º 798, de 22-10-1901. Instalada em 30-04-1902.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município já denominado Montenegro é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Pelo Decreto Estadual n.º 6, de 04-11-1930, o município de Amapá foi extinto, sendo seu território sob administração direta do Estado. Estas disposições foram confirmadas pelo Decreto Estadual n.º 78, de 27-12-1930, pelo qual Montenegro voltou a denominar-se Amapá.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de Amapá (ex-Montenegro), é constituído do distrito sede.
Pela Lei n.º 8, de 31-10-1935, relaciona os municípios. Então existentes no Estado, figurando entre eles o de Amapá.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 3 distritos: Amapá, Oiapoque e Araguari.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 2.972, de 31-03-1938, o município passou a denominar-se Veiga Cabral. Pelo Decreto-lei acima citado, os distritos de Oiapoque e Araguari perderam a categoria de distritos, sendo seus territórios anexados ao distrito sede do município de Veiga Cabral (ex-Amapá), como simples zonas.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 3.131, de 31-10-1938, o município de Veiga Cabral voltou a denominar-se Amapá.
Pelo Decreto-lei Federal n° 5.812, de 13-09-1939, fora criados 5 Territórios Federais, entre eles os quais o de Amapá.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município já denominado Amapá é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto-lei Federal n.º 6.550, de 31-05-1944, Amapá perdeu à categoria de capital para o município de Macapá.
Pelo Decreto-lei Federal n.º 7.578, de 23-05-1945, o município de Amapá, perdeu território para criação do município de Oiapoque. O mesmo Decreto-Lei acima citado foram criados os distritos de Aporema e Calçoene e anexados ao município de Amapá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Amapá, Aporema e Calçoense.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Federal n.º 3.055, de 17-03-1956, desmembra do município de Amapá o distrito de Calçoense. Elevado à categoria de município. A Lei acima citada cria o distrito de Sucuriju anexando-o ao município de Amapá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Amapá, Aporema e Sucuriju.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 2 distritos: Amapá, e Sucuriju.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.