Anicuns teve inicio em 1749, quando o bandeirante Bartolomeu Bueno da Silva Filho, o “Anhanguera”, estabeleceu um ponto de apoio de tropeiros e boiadeiros que passavam em direção à cidade de Goiás. Interessado pela riqueza local, Bartolomeu catequizou os índios e iniciou a exploração do ouro.
O nome Anicuns surgiu da tribo indígena Guanicuns, que por sua vez recebeu a denominação dos pássaros guanicuns, que se destacavam pelo seu grande porte, peso e comprimento das suas asas.

Distrito criado com a denominação de Anicuns, por Lei Provincial ou Resolução Provincial de 07-06-1841, subordinado ao município de Palmeiras (ex-povoado). Elevado à categoria de vila, com a denominação de Anicuns. Instalado em 15-11­1911.
Em 1931, o município de Anicuns passou a denominar-se Novo Horizonte.
Pelo Decreto-Lei Municipal n.º 103, de 30-03-1933, é criado o distrito de Nazário e anexado ao município de Novo Horizonte.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: Novo Horizonte e Nazário.
Pelo Decreto-Lei Estadual n° 557, de 30-03-1938, o município de Novo Horizonte voltou a denominar-se Anicuns.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: Anicuns e Nazário.
Pela Lei Estadual n.º 121, de 25-08-1948, é desmembrado do município de Anicuns o distrito de Nazário. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 223, de 27-12-1958, é criado o distrito de Americano Brasilex-Olhos d'Água e anexado ao município de Anicuns.
Pela Lei Municipal n.º 224, de 27-12-1958, é criado o distrito de Avelinópolis (ex­povoado de Taboca) e anexado ao município de Anicuns.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Anicuns, Americano Brasil e Avelinópois.
Pela Lei Municipal n.º 279, de 04-12-1963, é criado o distrito de Capelinha e anexado ao município de Anicuns.
Pela Lei Estadual n.º 4.921, de 14-11-1963, é desmembrado do município de Anicuns o distrito de Avelinópolis. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 7.446, de 30-11-1971, é criado o distrito de Choupana e anexado ao município de Anicuns.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 4 distritos: Anicuns, Americano Brasil, Capelinha e Choupana.
Pela Lei Estadual n.º 8844, de 10-06-1980, é desmembrado do município de Anicuns o distrito de Americano Brasil. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983 suplemento, o município é constituído de 3 distritos: Anicuns, Capelinha e Choupana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.