Logo após o descobrimento do Brasil, em 1500, algumas áreas da nova colônia de Portugal encontravam-se em estado de guerra devido às divergências culturais entre índios, negros escravos e os invasores de outros países da Europa. A necessidade de conquistar a faixa territorial que hoje compreende o Estado de Sergipe e acabar com as brigas entre índios, franceses e negros, que não aceitavam o domínio português, era de extrema urgência para o trono.
O local onde hoje se encontra o município de Aracaju era a residência oficial cacique Serigy, que, segundo Clodomir Silva no 'Álbum de Sergipe', de 1922, dominava desde as margens do rio Sergipe até as margens do rio Vaza-Barris. Em 1590, Cristóvão de Barros atacou as tribos do cacique Serigy e de seu irmão Siriri, matando e derrotando os índios. Assim, no dia 1 de janeiro de 1590, Cristóvão Barros fundou a cidade de São Cristóvão (mais tarde capital da província) junto à foz do Rio Sergipe e definiu a Capitania de Sergipe.
Como cidade projetada, Aracaju nasceu em 1855 por necessidades econômicas. Uma assembléia elevou o povoado de Santo Antônio do Aracaju à categoria de cidade e a transformou em capital, em lugar de São Cristóvão, antiga sede da Província de Sergipe Del Rey. A transferência se deu por iniciativa do presidente da Província, Inácio Barbosa, e do barão do Maruim Provincial. A pequena São Cristóvão não mais oferecia condições para ser sede administrativa e a pressão econômica do Vale do Cotinguiba - maior região produtora de açúcar - exigia a mudança. Era preciso urgentemente a criação de um porto que garantisse a escoação da produção.
Somente em 1865, a capital se firmou. Era o término de uma década de lutas contra uma série de adversidades políticas, sociais e estruturais. A partir dessa data, ocorre um novo ciclo de desenvolvimento, que dura até os primeiros e agitados anos após a proclamação da República. Em 1884, surge a primeira fábrica de tecidos, marcando o início do desenvolvimento industrial. Em junho de 1886, Aracaju tinha uma população de 1.484 habitantes e já havia a imprensa oficial, além de algumas linhas de barco para o interior.
Em 1900, inicia-se a pavimentação com pedras regulares e são executadas obras de embelezamento e saneamento. As principais capitais do país sofriam reformas para a melhoria da qualidade de vida dos habitantes. Aracaju – que já nasceu na vanguarda – acompanhava o movimento nacional e, em 1908, é inaugurado o serviço de água encanada, um luxo para a época. Em 1914 é a vez dos esgotos sanitários e no mesmo ano chega a estrada de ferro.
Seu nome é de origem tupi, e, segundo estudiosos da língua indígena, significa cajueiro dos papagaios.

Distrito criado com a denominação de Aracaju, pela Lei Provincial n.º 473, de 28-03-1837.
Elevado à categoria de município e capital do estado de Sergipe, pela Lei Provincial n.º 473, de 17-03-1855. Sede no atual distrito de Aracaju. Constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 84, de 27-01-1903, são criados os distritos de Barra dos Coqueiros e Porto Grande e anexado ao município de Aracaju.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 3 distritos: Aracaju e Barra dos Coqueiros e Porto Grande.
Assim permanecendo nos quadros do recenseamento geral de 1-1X-1920.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 2 distritos: Aracaju e Barra dos Coqueiros. Não figurando o distrito de Porto Grande.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 525-A, de 25-11-1953, desmembra do município de Aracaju o distrito de Barra dos Coqueiros. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.