Compreendido na região entre os rios Lontra e Andorinhas, o território de Araguaína foi ocupado, primeiramente, por tribos da etnia Carajás. Foi em 1876 que os primeiros migrantes chegaram no norte tocantinense. João Batista da Silva e família, oriundos da cidade de Paranaguá, no estado do Piauí, fixaram moradia na margem direita do Rio Lontra. O pequeno povoado passou a se chamar “Livra-nos Deus”, devido ao constante temor de ataques indígenas e de animais selvagens. Ainda no mesmo ano outras famílias mudaram-se para a localidade, aumentando e mudando o nome do povoado para Lontra, em referência ao rio que mostrou-se de grande utilidade para o desenvolvimento da região.
No início, os primeiros colonizadores cultivaram cereais básicos para a subsistência das famílias. Já a implantação da cultura do café aconteceu com vistas ao lucro e tornou-se a atividade predominante. Contudo, a lavoura foi abandonada devido às dificuldades de escoamento da produção. A ausência de vias terrestres para o transporte foi o principal motivo.
O município de São Vicente do Araguaia – atual Araguatins – foi o primeiro a administrar o povoado Lontra. Anos depois, a localidade passou a pertencer a Boa Vista do Tocantins, hoje Tocantinópolis. Em 1925, com a chegada de mais famílias, novas perspectivas de crescimento tomaram conta dos moradores e a primeira igreja foi erguida em homenagem ao Sagrado Coração de Jesus. A mudança de nome para Povoado Araguaína – em homenagem ao Rio Araguaia – aconteceu em 1948, com a criação do município de Filadélfia. A localidade passou a integrar a nova cidade. Em 1953 o povoado de Araguaína passou a ser distrito. Mas o desenvolvimento da localidade culminou no processo de criação do município de Araguaína, que se concluiu em 1958.
O desenvolvimento econômico-social do município começou efetivamente a partir de 1960, com a construção da rodovia Belém-Brasília. No período de 1960 a 1975, Araguaína atingiu um estágio de desenvolvimento sem precedentes na história do estado de Goiás, tornando-se a quarta maior cidade do estado de 1980 a 1986, estando atrás somente de Luziânia, Anápolis e Goiânia. Com a criação do estado de Tocantins, em 1989, Araguaína tornou-se a maior cidade do estado.

Distrito criado, com a denominação de Araguaína, pela Lei Municipal n.º 86, de 30-09-1953, com terras desmembradas do distrito de Iviti e subordinado ao município de Filadélfia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o distrito de Araguaína, figura no município de Filadélfia.
Elevado à categoria de município, com a denominação de Araguaína, pela Lei Estadual n.º 2.125, de 14-11-1958, sendo desmembrado de Filadélfia, tendo como sede o atual distrito Araguaína e sendo constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1959.
Pela Lei Municipal n.º 54, de 15-12-1963, é criado o distrito de Araguanã e anexado ao município de Araguaína.
Pela Lei Municipal n.º 55, de 15-12-1963, é criado o distrito de Murucilândia e anexado ao município de Araguaína.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Araguaína, Araguanã e Muricilândia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Pela Lei Estadual n.º 10.510, de 11-05-1988, é criado o distrito de Aragominas e anexado ao município de Araguaína.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 4 distritos: Araguaína, Aragominas, Araguanã e Muricilândia.
Pela Lei Estadual n.º 251, de 20-02-1991, alterada pela Lei Estadual n.º 498, de 21-12-1992, são desmembrados do município de Araguaína os distritos de Aragominas, Araguanã e Muricilândia, elevados à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2003 o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.