A região foi desbravada inicialmente por Bartolomeu Bueno da Silva, 'O Anhanguera', que tinha por objetivo, chegar a Goiás. O Triângulo era habitado pelos índios Caiapós; estes preparavam constantes emboscadas aos 'brancos invasores', prejudicando, assim, a comunicação da província de Goiás com São Paulo. Para solucionar tal problema foi organizada, em 1748, uma grande expedição, composta em grande parte de 'índios mansos', para expulsar os caiapós; e foram, posteriormente, alojados em 18 aldeias ao longo da estrada de Anhanguera (cortava toda região, ligando São Paulo a Goiás ).
Neste contexto, a história propriamente dita de Araguari data dos princípios do século XIX, época em que Antônio Resende Costa, o ‘Major do Córrego Fundo’, comissário de Sesmarias da região do Triângulo, demarcou, entre outras, a Sesmaria do Serrote (hoje Fundão) e a da Pedra Preta (hoje Cunhas), início do atual município de Araguari. O major tomou posse, também, de um terreno de sobra entre as duas Sesmarias, doando-o, mais tarde, à Igreja como patrimônio da freguesia que ali se estabeleceu, sob a invocação de Ventania. Esse foi o primeiro passo para a construção do povoado. Ao redor da nova sede paroquial foram se concentrando os habitantes de Brejo Alegre. As festas religiosas tradicionais da Igreja atraíam romeiros das fazendas próximas. A evolução e o desenvolvimento urbano da vila de Brejo Alegre foi lenta, natural e assistemática.

Distrito criado com a denominação de Brejo Alegre pela Lei Provincial n.º 1.195, de 06-08-1864, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Estrela do Sul.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Brejo Alegre, pela Lei Provincial n.º 2.996, de 19-10-1882, sendo desmembrado de Bagagem, com sede na antiga vila de Brejo Alegre e constituído do distrito sede. Instalado em 31-03-1884.
Elevado à cidade, com a denominação de Araguari, pela Lei Provincial n.º 3.591, de 28-08-1888.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município aparece constituído de 3 distritos: Araguari, Santa Rita de Barreiros e Santana do Rio das Velhas, todos desmembrados de Estrela do Sul.
Pela Lei Estadual n.º 765, de 10-09-1920, o distrito de Santa Rita de Barreiros foi transferido para a povoação de Piracaíba.
Pela Lei Estadual n.º 806, de 22-09-1921, o distrito de Santa Rita dos Barreiros passou chamar-se Piracaíba.
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, é criado o distrito de Amanhece (ex-povoado) e anexado ao município de Araguari.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Araguari, Amanhece e Piracaíba (ex-Santa Rita de Barreiros).
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 148, de 17-12-1938, é desmembrado do município de Araguari o distrito de Santana do Rio da Velha, elevado à categoria de município com a denominação de Indianópolis.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 3 distritos: Araguari, Amanhece e Piracaíba.
Pela Lei Estadual n.º 336, de 27-12-1948, é criado o distrito de Florestina e anexado ao município de Araguari.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 4 distritos: Araguari, Amanhece, Florestina e Piracaíba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.