O surgimento do vilarejo de Arco-Íris ocorreu no ano de 1920. Nessa época, atraído pela fertilidade das terras e pela quantidade de madeira de lei, João Florenço deixou a cidade de Glicério para se estabelecer no local, iniciando o plantio de cereais. Numa gleba de 15 alqueires de terra, derrubou a mata, plantando cereais. Em seguida, outros pioneiros chegaram ao vilarejo, dentre eles, os senhores Aurélio Moreno Zamora e José Morábito. Da cidade de Braúna, chegou Aurélio Moreno Zamorra, que construiu a primeira casa em alvenaria de tijolos do povoado de Santa Helena. Logo em seguida, foi aberto um armazém e inaugurada uma serraria.
O interesse pelo local foi despertado por outras pessoas, chegando também outro pioneiro, o Sr Joaquim Dias de Souza, mais conhecido como Joaquim Piauí, instalando no vilarejo o primeiro armazém da Vila Santa Helena, onde hoje está localizado o centro urbano.
Em virtude do crescimento da Vila Santa Helena, e o consequente aumento de proprietários de sítios, como também a vinda de outros moradores, o Sr Aurélio Moreno Zamora implantou um loteamento, o mesmo se deu com o Sr José Morábito, que também implantou outro loteamento no vilarejo, sendo que tais empreendimentos colaboraram sobremaneira para a vinda de mais moradores.
Com a possibilidade de elevação da Vila Santa Helena à categoria de distrito, passou-se a discutir a mudança do nome de Vila Santa Helena para um outro nome, estabelecendo-se aí, em comum acordo entre principalmente, esses dois pioneiros, o nome de Arco-Íris.

Distrito criado com a denominação de Arco-Íris (ex-povoado de Santa Helena), pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, subordinado ao município de Tupã.
Em divisão territorial datada 1-VII-1960, o distrito de Arco-Íris figura no município de Tupã.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Elevado à categoria de município com a denominação de Arco-Íris, pela Lei Estadual n.º 8.550, de 30-12-1993, desmembrado de Tupã. Sede no antigo distrito Arco-Íris. Instalado em 01-01-1997.
Em divisão territorial datada 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.