No início do século XVII, navegantes espanhóis e portugueses deram início à exploração do Rio Grande do Sul e encontraram três principais grupos indígenas: tupi-guarani, jê ou tapuia e pampeano. Os carijós, que habitavam os litorais gaúcho e catarinense, integravam o tupi-guarani. A presença deles em Arroio do Sal é comprovada através de evidências arqueológicas como cacos de cerâmica e sambaquis.
Vale ressaltar que todo o litoral norte do estado fez parte de sesmarias, ou seja, lotes de terras incultas ou abandonadas que os reis cediam a quem se dispusesse a cultivá-las. Ao longo do tempo, elas foram compradas e vendidas até a área ser dividida em três latifúndios: o do norte recebeu o nome de Sítio Itapeva, o do centro de Estância do Meio e o do sul de Sítio do Inácio.
Essas sesmarias, somadas a mais uma doada em Torres, formaram quase 70 municípios ao longo dos séculos XIX e XX. A primeira região habitada de Arroio do Sal foi a Estân­cia do Meio, que era subdividida em Raizeira, Estância do Meio, Três Arroios e Figueiras. De acordo com o Mapa Estatístico das Propriedades do Rio Grande do Sul de 1846, a Estância do Meio contava com 17 propriedades.
Essas comunidades viviam do cultivo agrícola, do gado e da pesca realizada na Lagoa Itapeva, que geralmente era feita nas épocas de enchente e à noite. Até meados de 1920, os habitantes de Estância do Meio não tinham o costume de ir até o mar. A distância – cerca de seis quilômetros – e as dificuldades eram grandes. O trecho era compreendido de matos, imensas dunas, inúmeros arroios e terrenos alagadiços.
Quando um morador se aventurou a chegar até a beira-mar, descobriu que lá havia peixe em abundância e com diversidade, além dos mariscos. A notícia se espalhou e outros mora­dores também passaram a fazer o trajeto. Como ida e volta demandavam muito tempo, era mais fácil acampar no local, então os moradores de Estância do Meio começaram a construir cabanas, onde ficavam por até 15 dias.
Por volta de 1939, com o andamento da Segunda Guerra Mundial, o sal ficou escasso e alguns habitantes da Costa da Lagoa começaram a se deslocar até as margens do arroio, jun­to à figueira, para buscá-lo, retirando-o da água do mar, em quantidade suficiente para suas ne­cessidades. Nesse mesmo ano, um tropeiro vindo de Santa Catarina construiu uma moradia bem próxima aos cômoros, tornando-se o primeiro morador efetivo do local que viria a ser Arroio do Sal.

Desmembrado de Torres, Arroio do Sal é elevado à categoria de município e distrito pela Lei Estadual nº 8.573, de 22/04/1988, alterada em seus limites pela Lei Estadual nº 8.991, de 11/01/1990. O município é instalado em 1º/01/1989, constituído do distrito sede.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.