Por Atibaia passaram os antigos bandeirantes no século XVII, que desbravaram as terras em busca de índios e minerais preciosos. A cidade fica numa região de serras.
Assim, os bandeirantes do século XVII têm ligação direta na fundação do município de Atibaia, pois atuavam como desbravadores explorando novas terras em busca de minerais preciosos e índios.
A maioria das expedições partia de São Paulo e a rota mais procurada era a que levava aos tesouros de Minas Gerais. Na época, as viagens eram longas, árduas e cansativas e era preciso fazer inúmeras paradas para descanso e abastecimento. A primeira delas, ainda na região de São Paulo, era feita onde atualmente situa-se Atibaia, pois os bandeirantes tinham grande interesse na colina banhada por um rio.
Profundo conhecedor da região, o bandeirante Jerônimo de Camargo fundou uma fazenda de gado e, no alto da colina, construiu uma capela sob proteção de São João Batista, no dia 24 de junho de 1665 – atualmente a data é feriado municipal em comemoração ao aniversário da cidade.
Neste mesmo período, o padre Mateus Nunes de Siqueira chegou do sertão com um grupo de índios guarus catequizados e, por ordem da Câmara Municipal de São Paulo, instalou-os ao lado do sítio de São João Batista. O pequeno núcleo confirmou-se, então, como parada obrigatória para quem seguia em direção a Minas Gerais e o povoado começou a desenvolver-se lentamente.
Mas foi a partir de 1864 que o povoado recebeu o título de município e, em 1905, o município de São João de Atibaia passou a denominar-se apenas Atibaia. A partir da Proclamação da República, Atibaia iniciou uma fase de grande desenvolvimento com uma série de melhoramentos locais.
Os tupinólogos têm procurado definir o verdadeiro significado da palavra Atibaia e suas variáveis, tais como Tybaia, Thibaya, Atubaia, etc. Alguns especialistas afirmam que a origem tem diversos significados, tais como rio da feitoria, rio alagado, morro dependurado, água saudável, trançada, revolta ou confusa.
Segundo as palavras de João Batista Conti, “Atibaia possui o rio que corre nas várzeas, o rio alagadiço, a água trançada revolta e confusa, mas, sobretudo, possui a água agradável ao paladar, cujas propriedades medicinais têm sido decantadas por ilustres médicos, cientistas e por todos aqueles que a têm procurado como verdadeira fonte de saúde”.

Distrito criado com a denominação de São João Batista de Atibaia, por Alvará de 13-08-1747, no município de São Paulo.
Elevado à categoria vila com a denominação de São João Batista de Atibaia, por Ordem de 27-06-1769, desmembrado da antiga Vila de São Paulo. Sede na antiga povoação de São João Batista de Atibaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 05-11-1769.
Pela Lei Provincial n.º 3, de 05-02- 1842, é criado o distrito de Campo Largo e anexado a vila de São João Batista de Atibaia.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João Batista de Atibaia, pela Lei Provincial n.º 26, de 22-04-1864.
Pela Lei Estadual n.º 975, de 20-12-1905, São João Batista de Atibaia tomou o nome de Atibaia.
Pela Lei Estadual n.º 1.257, de 29-09-1911, o distrito de Campo Largo tomou o nome de Jarinu.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Atibaia é constituído de 2 distritos: Atibaia e Jarinu.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é desmembrado do município de Atibaia, o distrito de Jarinu. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.