No litoral do Rio Grande do Sul, a Estância das Cidreiras já figurava em documentos desde 1752. O território de Balneário Pinhal era parte dessas terras, recebidas da Coroa Portu­guesa em 1767 pelo almoxarife Manuel Pereira Franco, que não conseguiu se estabelecer ali e passou-as para outros proprietários.
Em 1808, por ordem do governo imperial, a província do Rio Grande de São Pedro foi dividida em quatro grandes municípios: o território litorâneo e a encosta superior do Nordeste ficaram com Santo Antônio da Patrulha.
No ano de 1819, devido à sonegação de impostos, a Estância das Cidreiras foi confis­cada pelo governo central e foi a leilão público no Rio de Janeiro. Foi então que um tropeiro, Luiz Francisco Ferreira Saraiva, deu o lance decisivo e adquiriu as terras. Começava a ocupa­ção e a exploração da Estância das Cidreiras. Pela sucessão de bens, as terras que hoje perten­cem a Balneário Pinhal couberam a um dos herdeiros: Joaquim Rodrigues Saraiva. Essa famí­lia fixou morada ali, mas aos poucos foi sendo desmembrada e deu lugar a novos proprietá­rios.
Oriunda de Taquara, a família Ebling adquiriu as terras de um dos descendentes dos Saraivas e se instalou na fazenda, desenvolvendo atividades agrícolas e pastoris. Mais tarde, as terras foram adquiridas por Francisco Sgura Garcia, espanhol de cognome Paco, que já era proprietário da Fazenda do Pinhal. Com uma grande extensão de terras, Paco desenvolveu vá­rias culturas e chegou a construir uma salina, que produziu sal por vários anos para consumo e para comércio.
Na Fazenda do Pinhal, onde residiam muitas famílias, foi construído por Paco um cen­tro social constituído de uma capela, um salão de festas e uma escola. Foi ele também quem plantou, para delimitar a estrada, os muitos pés de eucalipto que se transformaram no espeta­cular Túnel Verde, hoje cartão de visitas da cidade.
Mais tarde, em 1950, Paco vendeu as terras para Fausto de Borba Prates, que tinha dois grandes projetos: a urbanização da praia e o florestamento dos campos arenosos. Depois de muitas tentativas, no final da década de 1960, o Pinus elliottii deu sinais de sucesso e, as­sim, milhares de mudas foram adquiridas dos Estados Unidos; após passarem por um proces­so de aclimatação, adaptação e crescimento, foram transplantadas para os campos arenosos.

Distrito criado com a denominação de Pinhal pela Lei Municipal nº 112, de 14/11/1990, subordinado ao município de Cidreira.
Com a denominação de Balneário Pinhal, o distrito é desmembrado de Cidreira e elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 10.670, de 28/12/1995. O município é instalado em 1º/01/1997, constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal nº 179, de 30/12/1998, são criados os distritos de Magistério e Tú­nel Verde e anexados ao município de Balneário Pinhal.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de três distritos: Bal­neário Pinhal, Magistério e Túnel Verde.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.