Até o início do século XX, a área onde hoje se localiza Barra Funda era de pura mata virgem, habitada pelos indígenas conhecidos como coroados e por posseiros negros. No ano de 1919, chegaram os colonizadores vindos das regiões de Guaporé, Veranópolis e Caxias do Sul; seus primeiros núcleos habitacionais surgiram na década de 1920.
O nome Barra Funda deve-se à existência de um acidente geográfico que se forma na desembocadura do Rio Agusso, afluente do Rio da Várzea, que por sua vez faz parte da bacia do Rio Uruguai. No ciclo do tropeirismo na região, o local chamado barra foi utilizado pelos tropeiros para fazer a travessia do gado pelo Rio da Várzea; por tratar-se de um ponto de baixa altitude, foi denominado de Barra Funda.

Distrito criado com a denominação de Barra Funda pela Lei Municipal nº 898, de 31/05/1963, subordinado ao município de Sarandi.
Desmembrado de Sarandi, Barra Funda é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 9.538, de 20/03/1992. O município é instalado em 1º/01/1993, constituído do dis­trito-sede.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.