No dia 04 de julho de 1903, o General Dionísio Cerqueira, na época Chefe da Comissão de Demarcação dos Limites entre Brasil e Argentina, fundou um povoado nas cabeceiras dos Rios Capanema e Peperi Guaçu, na fronteira com a vizinha República do Prata.
O primeiro morador da localidade, que recebeu a denominação de Barracão, foi Misael Siqueira Bello que, na condição de pioneiro, deu grande impulso ao seu desenvolvimento. Misael foi por vários anos agente de Correios e Telégrafos e também o seu primeiro prefeito.
Dada a exuberância e a fertilidade das terras e a grande quantidade de madeira existente, colonos vindos dos estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina estabeleceram-se em Barracão, dedicando-se à extração de madeira e de erva-mate, e à cultura de cereais, fumo e cana-de-açúcar, com o que o povoado teve rápido crescimento.
Em 1914, foi criado um distrito judiciário com a denominação de Dionísio Cerqueira, com sede no lugar denominado Barracão, no município de Clevelândia.
Havia, na época, uma questão de limites entre os Estados do Paraná e Santa Catarina que foi resolvida em 1916 com a celebração de um acordo entre os dois Estados. Em função desse acordo de limites, Barracão foi dividido em dois, ficando parte no Paraná e parte em Santa Catarina, separadas apenas por uma linha seca. A parte que ficou no Paraná permaneceu com o nome de Barracão e a que ficou em Santa Catarina recebeu a denominação de Dionísio Cerqueira, em homenagem ao seu fundador. A cidade fundada no lado Argentino, separada apenas pelo Rio Peperi Guaçu, recebeu a denominação de Bernardo Irigoyen, mais tarde mudada para Barracon. Desta forma,
Barracão era o nome de uma hospedaria construída no povoado e que servia de local de pouso e descanso de tropeiros, originando-se, daí, o nome do município.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, figura no município de Clevelândia o distrito de Dionísio Cerqueira.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.573, de 26-10-1938, o distrito de Dionísio Cerqueira passou a denominar-se Santo Antônio. Sob o mesmo decreto, o distrito de Santo Antônio foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito de Porto Branco do município de Clevelândia.
Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Barracão, pela Lei Estadual n.º 790, de 14-11-1951, desmembrado de Clevelândia. Sede no atual distrito de Barracão. Constituído do distrito sede. Instalado em 14-12-1952.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 13, de 20-08-1955, foram criados os distritos de Bom Jesus do Barracão, Salgado Filho, São Sebastião da Bela Vista e Siqueira Belo e anexados ao município de Barracão.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Barracão, Bom Jesus do Barracão, Salgado Filho, São Sebastião da Bela Vista e Siqueira Belo.
Pela Lei Municipal n.º 19, de 10-08-1962, é criado o distrito de Tiradentes e anexado ao município de Barracão.
Pela Lei Estadual n.º 4.788, de 29-11-1963, são desmembrados do município de Barracão os distritos de Salgado Filho, São Sebastião da Bela Vista e Tiradentes, para constituir o novo município de Barracão.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Barracão, Bom Jesus do Barracão e Siqueira Belo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1993.
Pela Lei Estadual n.º 11.260, de 21-12-1995, é desmembrado do município de Barracão o distrito Bom Jesus do Barracão. Elevado à categoria de município com a denominação de Bom Jesus do Sul.
Em divisão territorial datada de 1999, o município é constituído de 2 distritos: Barracão e Siqueira Belo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.