A fundação de Barueri remonta à época das missões jesuíticas, em meados do século XVI.
Segundo os historiadores a origem da cidade foi o aldeamento de Barueri, fundado em 11 de novembro de 1560 pelo padre José de Anchieta, que ergueu na margem direita do rio Tietê, pouco acima da confluência com o Rio Barueri Mirim, a Capela de Nossa Senhora da Escada, hoje padroeira do município.
A aldeia de Barueri cresceu rapidamente, tornando-se um dos mais importantes aldeamentos de índios do Brasil colônia. Resistindo bravamente, com a ajuda dos padres jesuítas, aos freqüentes ataques de bandeirantes que desciam o rio Tietê em direção ao interior, aprisionando índios para mão-de-obra escrava, a aldeia conseguiu sobreviver. Com o decorrer dos anos e o notório crescimento, a Aldeia chegou a povoado e, posteriormente, já em 1809, à categoria de freguesia.
Em 1870 iniciou-se a construção da Estrada de Ferro Sorocabana, e em 1875, com a inauguração do primeiro trecho, Barueri ganhou sua estação ferroviária, tornando-se importante entreposto de cargas, rota obrigatória na ligação da Capital São Paulo com Santana de Parnaíba e Pirapora do Bom Jesus.Pertencente ao Município e Comarca de Santana de Parnaíba, Barueri crescia a olhos vistos, suplantando a pacata e bucólica Parnaíba.
O espírito autonomista não tardou a surgir entre os cidadãos e o movimento emancipacionista ganhou vulto, culminando com a criação do Município de Barueri pela lei número 233, de 24 de dezembro de 1948, sancionada pelo então Governador do Estado Adhemar de Barros.
Em 26 de março de 1949 instala-se o Governo Municipal e a primeira Câmara de Vereadores. Em 08 de dezembro de 1964 é promulgada a lei que instalou a Comarca de Barueri. O desenvolvimento econômico de Barueri ganhou força a partir de 1973, quando a Câmara Municipal aprovou a Lei de Zoneamento Industrial que permitiu o surgimento de pólos empresariais como os de Alphaville, Tamboré e Jardim Califórnia e, mais recentemente o Distrito Industrial do Votupóca.
O nome Barueri deriva da mistura da palavra francesa barriére (barreira, queda, obstáculo) com o vocábulo indígena mbaruery (rio encachoeirado), significando, portanto, barreira que encachoeira o rio, visto que a área ficava na bifurcação do Anhembi, como era chamado o Tietê.
O vocábulo Barueri em tupi guarani não quer dizer flor vermelha que encanta, como muitos acreditam.
Talvez pelo fato de, às margens do rio Barueri Mirim existirem, muitos anos atrás, flores vermelhas (hibisco) deu-se esta associação.
“Flor vermelha que encanta” é, na verdade, uma espécie de slogam associado a Barueri, o nome da cidade.

Distrito criado com a denominação de Barueri, pela Lei Estadual n.º 1.624, de 20-12-1918, subordinado ao município de Parnaíba.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Barueri figura no município de Parnaíba.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e de 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o município de Parnaíba passou a denominar-se Santana de Parnaíba.
Elevado à categoria de município com a denominação de Barueri, por Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembrado do município de Santana de Parnaíba (ex-Parnaíba). Sede no antigo distrito de Barueri. Constituído de 2 distritos: Barueri e Aldeia, criado pela mesma lei acima citada. Instalado em 26-03-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Barueri e Aldeia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, foram criados os distritos de Jardim Belval e Jardim Silveira e anexado ao município de Barueri.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 4 distritos: Barueri, Aldeia, Jardim Belval e Jardim Silveira.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.