Região habitada por diversas etnias como os Potyguara, Jenipapo, Kanyndé,[8] Choró e Quesito, recebeu a partir do século XVII diversas expedições militares e religiosas. Com a expulsão dos holandeses, a coroa portuguesa iniciou o processo de ocupação definitiva das terras cearenses que intensificou-se através da ocupação missionária pelos Jesuítas, a doação de sesmarias, busca de metais preciosos e a implantação da pecuária do Ceará.
Em 1755, Baturité, ou melhor, Missão de Nossa Senhora da Palma, surge neste contexto como uma missão tendo como finalidade aldear os índios da região.
Em 1759, com a expulsão dos Jesuítas, a missão foi elevada a condição de Vila com o nome de Monte-Mor o Novo d'América.
Em 1791, nesta vila foi reunido aos Kanindé, Jenipapo um contingente de índios oriundos de missões em conflitos, como: os Jucá da Vila de S. Mateus, os Paiacu da Vila de Monte-Mor-o-Velho e da Vila de Portalegre.

Distrito criado com a denominação de Aldeias das Missões, por Provisão de 19-06-1762 e por Lei Provincial de 18-03-1842.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Palmas, por carta de 06-08-1763, e portaria de 15-08-1763, retificado, por carta de 16-12-1763. Instalado em 14-07-1764.
Por carta regia de 14-04-1764, a vila se denominada vila Real Monte-Mor.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Baturité, pela Lei Provincial n.º 844, de 09-08-1858.
Pelo Ato Provincial de 10-10-1868, é criado o distrito de Guaramiranga e anexado ao município de Baturité.
Pelo Ato Provincial de 04-06-1878, é criado o distrito de Pernambuquinho e anexado ao município de Baturité.
Pelo Decreto Estadual n.º 37, de 02-08-1890, é criado o distrito de Caio Prado (ex-povoado de Cangati) e anexado ao município de Baturité.
Pelo Decreto n.º 8 - E, de 10-03-1892, é criado o distrito de Castro e anexado ao município de Baturité.
Pelo Ato Estadual de 27-03-1896, é criado o distrito de Riachão e anexado ao município de Baturité.
Pelo Ato Estadual de 20-01-1897, é criado o distrito de Candeia e anexado ao município de Baturité.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 7 distritos: Baturité, Castro, Caio Prado, Candeia, Guaramiranga, Pernambuquinho e Riachão.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 8 distritos: Baturité, Caio Prado, Candeia, Castro, Guaramiranga, Pernambuquinho, Putiú e Riachão.
Pelos Decretos Estaduais n.º 193, de 20-05-1931 e 1156, de 04-12-1933, o distrito de Castro passou a denominar Itaúna e Riachão a chamar-se Capistrano.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.156, de 04-12-1933, os distritos de Guaramiranga e Pernambuquinho, foram desmembrados de Baturité, para constituírem o município de Pacoti.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 5 distritos: Baturité, Caio Prado (ex-Cangati), Candeia, Capistrano de Abreu (ex-Riachão) e Itaúna (ex-Castro).
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de Capistrano de Abreu passou a denominar-se simplesmente Capistrano. Sob o mesmo decreto é extinto o distrito de Candeia, sendo seu território anexado ao distrito sede de Baturité.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: Baturité, Caio Prado, Capistrano (ex-Capistrano de Abreu) e Itaúna.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Itaúna passa a denominar-se Itapiúna.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 4 distritos: Baturité, Caio Prado, Capistrano (ex-Riachão) e Itapiúna (ex-Itaúna).
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-09-1951, é desmembrado do município de Baturité o distrito de Capistrano. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Baturité, Caio Prado e Itapiúna.
Pela Lei Estadual n.º 3.599, de 20-05-1957, são desmembrados do município de Baturité os distritos de Itapiuna e Caio Prado, para constituírem o novo município de Itapiúna.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 932, de 17-I-1991, foram criados os distritos de Boa Vista e São Sebastião e anexados ao município de Baturité.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 3 distritos: Baturité, Boa Vista e São Sebastião.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.