Como as principais cidades da região, Birigui, surgiu e cresceu a partir da Estrada de Ferro Noroeste, construída no início do século. No começo foi uma chave na clareira, situada entre os quilômetros 259 e 261 que em 1908 passou a ser um ponto de parada de locomotivas. O povoado foi fundado em 7 de dezembro de 1911 pelo Senhor Nicolau da Silva Nunes, um português de espírito empreendedor, natural da Freguesia de Moutamorta, Trás-os Montes.
O fundador manteve na futura cidade a denominação dada pelos trabalhadores da ferrovia local. O nome Birigui teve origem na língua Tupi-Guarani, os índios usavam esta palavra como o significado de 'mosca que sempre vem'para um minúsculo mosquito hematófago que incomodava a todos e era bastante freqüente na região.
Nicolau da Silva Nunes conheceu a região atraído por um artigo de jornal, na primeira visita se encantou com a exuberância e fertilidade das terras da região, principalmente das que envolviam a chave de Birigui. Adquiriu, assim, 400 alqueires para si e seus representados, Antonio Gonçalves Torres e Afonso Garcia Franco, e quando voltou para Sales de Oliveira, a cidade onde morava, colocou os lotes à venda.
A visão futurista de Nicolau da Silva Nunes lhe revelava que aquelas florestas, a terra fértil e as águas límpidas emanavam progresso. A única dificuldade no seu empreendimento foi os seus vizinhos, os índios Coroados.
Para evitar que assustassem seus clientes ele usou de artifícios, pediu, até que apagassem o rastro dos índios e passou a morar no local, em dois vagões para demonstrar segurança.
Entretanto nem a hostilidade dos índios e nem a presença do pequeno mosquito desencorajou os primeiros habitantes. Os primeiros moradores que acompanharam o fundador foram os senhores Francisco Galindo Romero, Manoel Inácio, Francisco Galindo de Castro e sua esposa, Dona Antonia Real Dias, primeira mulher a morar aqui.
A primeira casa foi erguida feita de taipa, na confluência das atuais Ruas Silvares e Fundadores. Lucas Scarpin, Antonio Simões, Faustino Segura, Ricardo Del Nery, João Galo, França Contel e Giuzeppe Fonzar foram alguns dos pioneiros.
Em 1.912, Birigui ganha mais um habitante, José Cordeiro, um típico capitão bandeirante que deixa Lençóis Paulista com sua expedição e se junta ao povoado. Manuel Bento da Cruz funda a companhia de Terras, Madeiras e Colonização São Paulo, tendo como desbravadores Roberto Clark e James Mellor.
Com o passar do tempo, a lavoura vai ocupando o que era mato. Vai surgindo o nosso ciclo do café. Com este progresso galopante, Birigui alcança sua emancipação no dia 8 de Dezembro de 1.921, apenas dez anos depois após sua fundação.

Distrito criado com a denominação de Birigui, pela Lei Estadual n.º 1.426, de 10-11-1914, subordinado ao município de Penápolis.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-XI-1920, o referido distrito figura no município de Penápolis.
Elevado à categoria de município com a denominação de Birigüi, pela Lei Estadual n.º 1.811, de 08-12-1921, desmembrado de Penápolis. Sede no atual distrito de Birigui. Constituído do distrito sede. Instalado em 19-02-1922.
Pelo Decreto Estadual n.º 6.043, de 18-08-1933, é criado o distrito de Nipolândia e anexado ao município de Biriqui.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Birigui e Nipolândia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1936.
Pela Lei n.º 2.884, de 12-01-1937, é criado o distrito de Jacri e anexado ao município de Birigui.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1937, o município é constituído de 3 distritos: Birigui, Jacri e Nipolândia.
Pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Nipolândia tomou o nome de Bilac, o distrito de Jacri passou a denominar-se Iacri e foi transferido do município Birigui, para constituir o novo município de Tupã.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Birigui e Bilac (ex-Nipolândia).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é desmembrado do município de Birigui o distrito de Bilac. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.