A origem do nome Boa Vista do Incra remonta a uma época muito distante. Por volta de 1839, a área de Boa Vista do Incra foi adquirida pelo coronel José Lopes da Silva, cinco anos após a criação do município de Cruz Alta. Foi ele quem denominou essa localidade de Fazenda Boa Vista.
A área foi dividida várias vezes e, em 1969, a Fazenda Boa Vista foi adquirida pelo IBRA (Instituto Brasileiro de Reforma Agrária), para reassentamento de parte das famílias que tiveram suas propriedades atingidas pela construção da Barragem do Passo Real. Eram na grande maioria pequenos agricultores oriundos dos municípios de Espumoso, Cruz Alta, Ibirubá e Selbach, situados às margens dos rios Jacuí, Jacuí Mirim, Ingaí. Essa área alagada compreendia uma das mais progressistas do Alto Jacuí.
Com o reassentamento, as famílias que se instalaram nas novas terras conseguiram, com muita luta e trabalho, vencer as dificuldades, estruturar suas moradas, cultivar suas terras e organizar em poucos anos a produção de grãos, suínos, aves e equipamentos agrícolas.
Em 1979 foi designada uma comissão com a finalidade de receber do INCRA (Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária) as áreas de reserva e as áreas destinadas a urbanização, escolas e outros usos. A partir desse ato realizou-se a urbanização da Vila Boa Vista. Com isso, na emancipação, a localidade foi chamada de Boa Vista do Incra.
A ideia de emancipação da comunidade obteve o apoio das localidades de Três Capões, Corticeira, Capão Grande, parte do distrito de Benjamin Nott e parte do município de Fortaleza dos Valos. As aspirações emancipacionistas cresceram, e Boa Vista do Incra começou a mobilizar-se no ano de 1992, lutando unida em busca de sua independência política e administrativa. No plebiscito realizado em 24 de março de 1996, 97% da população optou pela emancipação.

Distrito criado com a denominação de Boa Vista do Incra pela Lei Municipal nº 402, de 07/04/1987, subordinado ao município de Cruz Alta.
Desmembrado de Cruz Alta e Fortaleza dos Valos, Boa Vista do Incra é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 10.740, de 16/04/1996. O município é instalado em 1º/01/2001, constituído do distrito-sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.