O português Coronel João da Motta Ribeiro, no início do século XIX, estabeleceu-se na região que atualmente constitui o município de Bom Jesus do Amparo. O ciclo do ouro ainda não havia se esgotado e, aos poucos, João da Motta Ribeiro estabeleceu o seu local de trabalho e aglomerou alguns escravos. Em pouco tempo tornou-se um dos cidadãos mais respeitados da região, o que fez com que se casasse com a filha do Capitão João Teixeira Alves, Maria de Jesus Teixeira, de quem herdou uma fazenda. A fazenda pertencente ao coronel João da Motta começou a ser construída em 1800 e foi terminada em 1815. Como era grande a distância entre a propriedade e a freguesia mais próxima, foi construída em suas terras uma capela dedicada ao culto de Nossa Senhora da Conceição, com os santos e púlpitos pintados em ouro. Com a morte do coronel, em 3 de maio de 1835, a fazenda transferiu-se para seu filho João Pedro Augusto Teixeira da Motta, o qual teve a ideia de edificar uma capela (que posteriormente se tornou Matriz), auxiliado por Manuel da Motta Teixeira, Joaquim Camilo Teixeira da Motta, Pedro Augusto Teixeira da Motta, juntamente com os Teixeira Dias, os Dias Duarte e Antônio Vicente de Oliveira.
O terreno no qual foi edificada a igreja foi adquirido pelo coronel João da Motta Teixeira que o doou à Igreja Matriz, tendo início a construção em 1841 e o término em 1848. Com a construção da Igreja iniciou o aglomerado da freguesia que recebeu o nome de Senhor Bom Jesus do Amparo do Rio São João. Esta se instalou em 1858, de acordo com a lei nº. 898, e em 4 de junho do mesmo ano, passou a pertencer ao município de Santa Bárbara. Anteriormente, em 1842, pertenceu a Caeté. O sustento para o aglomerado de pessoas advinha da fazenda que, somente no eito, tinha 200 homens empregados. Aquela era encimada por três mirantes. Havia na casa muitas dependências reservadas a hóspedes, sala de música, sala de reza, senzala, etc. Ainda existia uma biblioteca que chegou a possuir 3.500 volumes.
Atualmente, a fazenda é tomaba pelo IPHAN. Mas ainda na época a família de Motta Ribeiro doou uma porção de terra ao Senhor Bom Jesus, de quem era grande devota. Fizeram, então, vir de Portugal uma imagem do santo adquirida na cidade de Amparo. Por isso adquiriu o primeiro nome citado acima. Ainda hoje a cidade conserva a imagem que se encontra a matriz.
O topônimo Bom Jesus do Amparo é uma homenagem à imagem do Senhor do Bom Jesus, adquirida em Amparo, cidade de Portugal, por seu primeiro morador, coronel João da Motta Ribeiro, no século XVIII.

Distrito criado com a denominação de Bom Jesus do Amparo, pela Lei Provincial n.º 898, de 04-06-1858, e Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Santa Bárbara.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Bom Jesus do Amparo figura no município de Santa Bárbara.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, o distrito de Bom Jesus do Amparo deixa de pertencer ao município de Santa Bárbara para ser anexado ao novo município de Barão de Cocais.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Bom Jesus do Amparo figura no município de Barão de Cocais.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Bom Jesus do Amparo, pela Lei Estadual n.º 1.039, de 12-12-1953, desmembrado de Barão de Cocais. Sede no antigo distrito de Bom Jesus do Amparo. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.