Antes do povoado de Bom Jesus ser criado, grupos indígenas ocupavam toda a região. Os vestígios dessa ocupação podem ser vistos até hoje em cavernas e em terras de cultivo. Mais tarde vieram os bandeirantes paulistas e os tropeiros, que deram início às primeiras fazendas.
Todo o território pertencia ao município de Santo Antônio da Patrulha, e mais tarde, como parte de Vacaria, era conhecido como 3º Distrito da Costa, devido à sua proximidade com o mar.
Por conta da grande distância que separava o distrito de Vacaria, e também dos precários meios de transporte, o povo lutou pela criação de uma capela em local mais próximo e acessível. Em 21 de maio de 1879, foi criada, então, a Capela do Senhor Bom Jesus do Bom Fim. O nome foi dado por Manoel Silveira de Azevedo, dono das terras, graças a uma promessa que tinha feito caso voltasse da Guerra do Paraguai são e salvo.
Em 16 de julho de 1913, durante o governo de Antônio Augusto Borges de Medeiros, Bom Jesus emancipou-se, através do Decreto nº 2.000. O município teve como primeiro intendente municipal o engenheiro Artur da Silva Ferreira. As famílias colonizadoras vieram de diferentes cidades, estados e países, trazendo consigo diversos costumes.
Em 1918, por decreto de dom Miguel de Lima Valverde, bispo de Santa Maria, Bom Jesus passou à categoria de paróquia, e em 1940 à categoria de cidade. Pelos campos de Bom Jesus passaram grandes mártires em operações de guerra como a Revolução Farroupilha. Entre eles aparecem Anita Garibaldi, Bento Gonçalves e David Canabarro.
Para a história do município merece destaque ainda o fato de Bom Jesus ter tido o maior posto de arrecadação de impostos e controle do governo imperial na província do Rio Grande de São Pedro. O posto funcionou por muitos anos no Rio Pelotas, no chamado Passo de Santa Vitória ou Guarda Velha.

Desmembrado de Vacaria, Bom Jesus é elevado à categoria de vila pelo Decreto Estadual nº 2.000, de 16/07/1913. Instalada em 21/08/1914.
Pelo Ato Municipal nº 7, de 04/08/1913, são criados os distritos de Bom Jesus, Capão dos Patos e Casa Sgarbi.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1º/09/1920, o município aparece constituído de três distritos: Bom Jesus, Itaimbezinho e Morro Agudo.
Em divisões territoriais datadas de 31/12/1936 e 31/12/1937, o município aparece constituído de três distritos: Bom Jesus, Itaimbezinho e Capão dos Patos.
Pelo Decreto Estadual nº 7.199, de 31/03/1938, são extintos os distritos de Itaimbezinho e Capão dos Patos, sendo seus territórios anexados ao distrito-sede do município de Bom Jesus, como simples zonas desse distrito.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído do distrito-sede.
Pelo Decreto-Lei Estadual nº 720, de 29/12/1944, a denominação Bom Jesus é alterada para Aparados da Serra.
Pela Lei Municipal nº 118, de 1º/06/1948, é recriado o distrito de Itaimbezinho e anexado ao município de Aparados da Serra.
Pela Lei Municipal nº 9, de 05/06/1948, são criados os distritos de Ausentes e Silveira (ambos ex-povoados) e anexados ao município de Aparados da Serra.
Pela Lei Municipal nº 17, de 09/11/1948, a denominação Aparados da Serra é alterada para Bom Jesus.
Em divisão territorial datada de 1º/07/1960, o município é constituído de quatro distritos: Bom Jesus (ex-Aparados da Serra), Ausentes, Itaimbezinho e Silveira.
Pela Lei Municipal nº 82, de 05/06/1976, é criado o distrito de Santo Inácio e anexado ao município de Bom Jesus.
Pela Lei nº 1.583, de 28/04/1983, são criados os distritos de Casa Branca e Capão do Tigre e anexados ao município de Bom Jesus.
Pela Lei nº 2.166, de 03/01/2002, é criado o distrito de Capela São Francisco e anexado ao município de Bom Jesus.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de seis distritos: Bom Jesus, Capão do Tigre, Capela São Francisco, Casa Branca, Itaimbezinho e Santo Inácio.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.