O historiador Aurélio Pinto afirma que o vale do Taquari, no princípio do século XVII, era habitado por índios tapes. Supõe-se que o primeiro homem branco a visitar a região tenha sido o padre Cristóvão Mendonça, por volta de 1633-1634, que alcançou estas paragens por via fluvial, proveniente das reduções de Jesus Maria e São Cristóvão, no vale do Rio Pardinho.
A data de fundação do núcleo colonial de Bom Retiro do Sul é 15 de março de 1887, quando Jacob Arnt adquiriu de Adolfo Ribeiro a primeira colônia. O povoado foi elevado à categoria de 2º Distrito de Taquari pelo Ato nº 11, de 5 de dezembro de 1895.
Em 1892, reuniram-se os moradores da localidade para construir uma casa que servisse para culto e aula. A obra foi feita em frente ao Porto de Navegação Arnt e nela foi celebrado o primeiro culto pelo então pastor de Teutônia, Henrique Bekmann, no dia 1º de junho de 1892. Em 1º de junho de 1904, foi empossado o 1º pastor da comunidade, Henrique Bargemann, pelos pastores Beckmann e Hennig, com assistência de todos os sócios. Em 14 de agosto de 1904, foi deliberada a compra de seis terrenos para a construção da igreja. A pedra angular foi colocada em 15 de novembro de 1905, sendo a obra terminada em 1907.
O nome de Bom Retiro do Sul provém de um morro que se prestava admiravelmente para reunir, com facilidade, o gado da fazenda a fim de dar-lhe sal. Como se a natureza tivesse talhado aquele recanto para essa finalidade, chamaram-no de “Bom Retiro”, nome atribuído mais tarde a todo o distrito. Há outra versão que conta que o nome foi dado em homenagem a Luiz Pereira de Couto Ferraz, visconde de Bom Retiro, parlamentar e ministro do Império do Brasil, falecido em 1886.
A 1º de janeiro de 1945, por força da lei que proibia as denominações geográficas homógrafas, o nome foi trocado para Inhandava, palavra indígena que significa “águas que correm”. Mais tarde, o então vereador Álvaro Haubert acolheu a demanda do povo, e a vila voltou a chamar-se Bom Retiro, desta vez com o acréscimo de “do Sul”, conforme a Lei Municipal nº 59, de 28 de abril de 1949.
Importante veículo do desenvolvimento da região, a navegação no Rio Taquari deve ter iniciado em meados do século XIX, pois, no ano de 1840, o senhor Louzada – barão de Guaíba – já possuía uma frota de botes, lanchões e canoas movidos a remo e a vela com os quais se comunicava com Porto Alegre, onde vendia os produtos de suas fazendas. Na década de 1870, João Teixeira possuía um possante lanchão chamado Flor do Taquari, que transportava produtos coloniais, oriundos do comércio de Estrela e Taquari, para Porto Alegre. Na volta, trazia mercadorias para os antigos comerciantes destas localidades. Deve-se notar, portanto, que foram Louzada e João Teixeira os decanos da navegação no Rio Taquari, naqueles primitivos tempos. O primeiro prédio construído na atual cidade de Bom Retiro do Sul foi destinado a um trapiche comercial (armazém), que recebia por via terrestre a carga, que depois era transportada através de barcos até Porto Alegre.
Com o passar dos anos, foi progredindo cada vez mais o número de pequenas embarcações particulares que faziam o transporte dos produtos do Alto Taquari para a capital do estado. No início do século XX, já existia a Companhia de Navegação Arnt, que possuía diversas embarcações de pequeno porte e com grande movimento comercial. Em 1914, foi por essa companhia que iniciou a navegação do primeiro barco a vapor para a condução de passageiros. A última companhia de navegação foi a de Nitzk e Görgen, que tinha um movimentado armazém, e a gasolina Taquara, que transportava passageiros. Anos mais tarde houve o fechamento dos portos, por um longo período. Em 1959, foi iniciada a construção da Barragem Eclusa, cujas obras foram paralisadas por dez anos, reiniciadas em 1969 e concluídas em 1977. A partir de sua inauguração, a navegação voltou a movimentar o rio.

Distrito criado com a denominação de Bom Retiro pelo Ato Municipal nº 11, de 05/12/1895, subordinado ao município de Taquari.
Pelo Decreto-Lei Estadual nº 720, de 29/12/1944, o distrito de Bom Retiro passa a denominar-se Inhandava.
Pela Lei Municipal nº 59, de 28/04/1949, o distrito de Inhandava passa a denominar-se Bom Retiro do Sul.
Desmembrado de Taquari, Bom Retiro do Sul é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 3.704, de 31/01/1959. O município é instalado em 1º/06/1959, constituído do distrito-sede.
Pela Lei Municipal nº 708, de 16/05/1983, é criado o distrito de Fazenda Vila Nova (ex-localidade) e anexado ao município de Bom Retiro do Sul.
Em divisão territorial datada de 18/08/1988, o município é constituído de dois distritos: Bom Retiro do Sul e Fazenda Vila Nova.
Pela Lei Municipal nº 841, de 19/11/1985, alterada em seus limites pela Lei Municipal nº 865, de 04/06/1986, é criado o distrito de Pinhal (ex-localidade) e anexado ao município de Bom Retiro do Sul.
Pela Lei Estadual nº 10.642, de 28/12/1995, o distrito de Fazenda Vila Nova é desmembrado de Bom Retiro do Sul e elevado à categoria de município, com a denominação de Fazenda Vilanova.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de dois distritos: Bom Retiro do Sul e Pinhal.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.