O núcleo habitacional que se transformaria na sede do município de Bonito iniciou-se em terras da Fazenda Rincão Bonito, que possuía uma área de 10 léguas e meia e foi adquirida do Sr. Euzébio pelo Capitão Luiz da Costa Leite Falcão, que aí se aportara em 1869, e é considerado o desbravador de Bonito, tendo sido também seu primeiro escrivão e tabelião.

Distrito criado com a denominação de Bonito, pela Lei n.º 693, de 11-11-1915, subordinado ao município de Miranda.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Bonito figura no município de Miranda.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 545, de 31-12-1943, o distrito de Bonito foi transferido do município de Miranda para o território federal de Ponta Porã.
Pelo Decreto-lei Federal n.º 6.550, de 31-05-1944, ainda em vigor nos termos dos artigos 161 e 162 do Decreto-Lei n.º 6.827, de 21-09-1944 e retificado pelo Decreto Federal n.º 9.055, de 12-03-1946, Bonito passou a denominar-se Rincão e figura como distrito no município de Miranda.
Por Ato das disposições constitucionais transitórias, promulgada de 18-09-1946, foi território de Ponta Porã, extinto e pelo Decreto-lei Estadual de Mato Grosso n.º 330, de 07-01-1947, fica restaurada a antiga divisão administrativa e judiciária da área que constituía o extinto território foi reincorporada ao referido Estado.
Elevado à categoria de município com a antiga denominação de Bonito, pela Lei n.º 145, de 02-10-1948, desmembrado do município de Miranda. Sede no antigo distrito e Bonito. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1.500, de 12-07-1961, é criado o distrito de Jabuti e anexado ao município de Bonito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Bonito e Jabuti.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 2 distritos: Bonito e Águas de Miranda.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.