O Povoado de Brejinho de José Nunes, atualmente município do Brejinho, teve como primeiros habitantes os senhores: Manoel Resende de França (Manoel Lulu), Manoel Simão da Silva, Pedro Sampaio da Silva, José Gomes da Silva, José Gomes Alves, João Sampaio Sobrinho, Amaro Simão da Silva, João Nunes da Costa, José Nunes do Brejo, Manoel Ferreira da Silva, Manoel Valentim de Sousa, Felix Alves da Costa, Antônio Felix da Rocha, agricultores e homens de bem que juntaram suas forças de trabalho para implementar o espírito participativo, contribuindo assim para o desenvolvimento social e econômico do lugarejo que ali vinha a prosperar.
Esse território que já era habitado desde meados do século XIX, com famílias bem constituídas, teve como ponto que marcou o surgimento da comunidade de Brejinho, uma missa que foi celebrada no dia 6 de fevereiro de 1928 pelo Padre João Leite Gonçalves de Andrade. Essa missa foi celebrada na casa do Senhor Manoel Simão da Silva, popularmente chamado de Seu Paizinho, no sítio Brejo de José Nunes, que depois passou a se chamar Brejinho. Logo em seguida, o Padre João Leite, juntamente aos moradores do lugar organizaram a primeira feira livre do pequeno aglomerado, com a presença de vários feirantes vindos de localidades vizinhas. A mesma acontece toda sexta-feira até os dias atuais.
A Capela em homenagem ao padroeiro São Sebastião começou a ser construída em 1928 e ficou totalmente concluída em janeiro de 1932, quando aconteceu a primeira festa do padroeiro São Sebastião, tradição que se mantém até os dias atuais, sendo instituído o dia 20 de janeiro, dia do padroeiro, como feriado municipal.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Brejinho, pela Lei Municipal n.º 14, de 10-04-1962, subordinado ao município de Itapetim, constituindo o 2º distrito do respectivo município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o distrito de Brejinho figura no município de Itapetim.
Elevado à categoria de município com a denominação de Brejinho, pela Lei Estadual n.º 4.996, de 20-12-1963, desmembrado do município de Itapetim. Sede no antigo distrito de Brejinho. Constituído do distrito sede. Instalado em 22-02-1964.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2022.