O município de Brotas de Macaúbas, exatamente por causa de sua localização na Zona Fisiográfica da Chapada Diamantina, região mineralógica por excelência, desde priscas eras, despertou e atraiu bandeirantes para a região. Com suas terras prenhes de ouro e carbonatos, pois, como nos assegura Manuel Mendes Borges, 'o ouro ali é todo de aluvião; é bom afirmar não haver em seu solo, e no de Gameleira, uma área de 1 quilômetro onde não se encontre esse precioso metal', não é de estranhar que nessa região o desbravador Manuel Nunes Viana, o criador dos emboabas, estabelecesse os seus domínios, em 1700, onde se mantinha como verdadeiro Creso, a ponto de o historiador Pedro Calmon alcunhá-lo de 'Gerente do Sertão'. Pode-se afirmar que o município deve a sua origem ao aparecimento de jazidas carboníferas e auríferas em seu solo, quando das primeiras penetrações, em 1792, pelo português Romão Gramacho, procedente de São Salvador, Capital da Província, o qual denominou esse novo eldorado Caiam-bola. Segundo o historiógrafo Francisco Borges de Barros, em sua obra 'A Margem da História da Bahia', em 1843, o alferes José de Mattos, vindo de outros recantos da mineração diamantina, apanhou diamantes na Chapada Velha, atual distrito de paz do município de Brotas de Macaúbas. Nisso é confirmado pelo contista Olímpio Barbosa, em nota apensa ao seu 'Pequeno álbum de Lençóis', quando afirma, com certo fundamento, que, 'quando o Alferes José de Matos apanhou diamantes na Chapada Velha, já ali era próspera a garimpagem'.
Dessa aglomeração humana, nasceu um povoado, iniciado na fazenda de propriedade de Antônio Alves de Oliveira, que, posteriormente, fez doação de sua herdade à capela aí existente.

Pela Lei n. 256, de 17-03-1847, foi elevado a freguesia, com a denominação de Macaúbas e tendo como padroeira Nossa Senhora das Brotas.
Elevada à categoria de vila com a denominação vila Agrícola de Nossa Senhora de Brotas de Macaúbas, pela Lei Provincial n.º 1.817, de 16-07-1878, desmembrada de Macaúbas. Instalada em 20-06-1882.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 3 distritos: Brotas de Macaúbas, Chapada Velha e Corrente.
Pela Lei Estadual n.º 1.250, de 15-07-1918, é criado o distrito de Jordão e anexado ao município de Brotas de Macaúbas.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 4 distritos: Brotas de Macaúbas, Chapada Velha, Fundão e Jordão.
Pelos Decretos Leis Estaduais n.ºs 7.455, de 23-06-1931 e 7.479, de 09-07-1931, o município de Brotas de Macaúbas passou a denominar-se simplesmente Brotas e absorveu o território do de Oliveira dos Brejinhos, extinto pelo último decreto.
Pelo Decreto Estadual n.º 8.291, de 03-02-1933, é criado o distrito de Barra do Mendes e anexado ao município de Brotas.
Em divisão administrativa referente ao no de 1933, o município Brotas (ex-Brotas de Macaúbas) é constituído de 4 distritos: Brotas, Barra do Mendes, Chapada Velha e Jordão.
Pela Lei Estadual n.º 9.251, de 1934, é criado o distrito de Morpará (ex-povoado) e anexado ao município de Brotas (ex-Brotas de Macaúbas).
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 5 distritos: Brotas, Barra do Mendes, Jordão, Morpará e São Francisco.
Pelo Ato Municipal n.º 62, de 27-05-1935, o distrito de São Francisco passou a denominar-se Saudável.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Brotas, Barra do Mendes, Jordão, Morpará e Saudável (ex-São Francisco).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, o município de Brotas volta a denominar-se Brotas de Macaúbas e o distrito de Jordão tomou o nome de Ipupiara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Brotas de Macaúbas (ex-Brotas), Barra do Mendes, Ipupiara (ex-Jordão), Morpará e Saudável.
Pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, foram criados os distritos de Ibipetum, Minas do Espírito Santo e Ouricuri de Ouro e anexados ao município de Brotas de Macaúbas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 8 distritos: Brotas de Macaúbas (ex-Brotas), Barra do Mendes, Ibipetum, Ipupiara, Minas do Espírito Santo, Morpará, Ouricuri e Saudável.
Pela Lei Estadual n.º 1.015, de 09-08-1958, são desmembrados do município de Brotas de Macaúbas os distritos de Ipupiara e Ibipetum, para constituírem o novo município de Ipupiara.
Pela Lei Estadual n.º 1.034, de 14-08-1958, desmembra do município de Brotas de Macaúbas os distritos de Barra do Mendes e Minas do Espírito Santo para constituírem o novo município de Barra do Mendes.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 4 distritos: Brotas de Macaúbas, Morpará, Ouricuri e Saudável.
Pela Lei Estadual n.º 1.722, de 16-07-1962, é desmembrado do município de Brotas de Macaúbas o distrito de Morporá. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Brotas de Macaúbas, Ouricuri e Saudável.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído de 3 distritos: Brotas de Macaúbas, Ouricuri do Ouro e Saudável.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2019.