Os meados e fins do século XVII caracterizaram-se em Minas Gerais pela penetração de grupos vindos do litoral em procura de fortuna na exploração de ouro, prata e pedras preciosas.
Em Caeté, a primeira das “entradas” pode ser atribuída ao sertanista Lourenço Castanho Tanques (capitão-mor da expedição), visto datar de 23-III-1664 uma Carta Régia que o louva “pelos serviços prestados como um dos descobridores de Minas dos Cataguazes e dos Sertões do Caeté, fato que ocorreu, portanto, pelo menos no começo do ano anterior, ou mais provavelmente, em 1662, atenta a morosidade das comunicações naquele e o acurado exame das coisas que precediam de ordinário as Deliberações Régias quando estas importavam em honra ou mercê para os vassalos”.
Depois, as explorações de Antônio Rodrigues Arzão, que conseguiu extrair apreciável quantidade de ouro nessas terras, sendo seu cunhado Bartolomeu Bueno de Sequeira o continuador de suas pesquisas.
Mais tarde, a expedição do paulista Leonardo Nardez, citado pelo ilustre cientista Guilherme von Eschwege em sua notável obra “Pluto Brasiliensis”, como descobridor de Caeté, que trata do local onde mais tarde haveria de aparecer a tumultuosa e opulenta Vila Nova da Rainha do Caeté.
Diz o historiador Rodolfo Jacó, “que, subindo pelo rio Sabará, ao longo da serra alcantilada (Serra da Piedade), e depois por um de seus galhos, Leonardo Nardez e os Guerras, os dos Santos, encontrando boa pista, vieram pousar entre colônias plácidas, às margens do pequeno ribeiro, cuja fonte próxima depararam à boca da mata espessa (Caeté) que orlava então a encosta da serra divisória do rio Doce. Daí o nome dado ao regato pelos índios ou pelos próprios invasores, e por estes, depois, ao pequeno arraial que levantaram”.
A origem e o significado da palavra Caeté provem da língua indígena e quer dizer: - mata virgem, mato verdadeiro, segundo Teodoro Sampaio, citado por Nelson de Sena em seu Anuário Histórico e Cartográfico de Minas Gerais, edição de 1909, página 282.
Concluiu-se, pois, que Caeté (a atual cidade) que era até 1700 uma floresta ocupada por indígenas, que tinham suas principais tabas ou aldeias na Pedra Branca e Ribeirão do Inferno (redondezas da cidade), foi, em 1701, “descoberto” pelo bandeirante paulista Leonardo Nardez, que aqui veio parar atraído pela riqueza aurífera da região. Apesar de descoberto por Nardez, Caeté, segundo alguns historiadores, deve seu povoamento aos irmãos João e Antônio Leme, auxiliadores pelos Guerra, descendentes da condessa Maria de Souza Guerra.
Não tardou a descoberta se fizesse conhecida nos mais longínquos pontos da Colônia, pois dentro em pouco para aqui, afluíram levas “paulistas e forasteiros” do litoral Brasileiro e do reino, “vindo sobretudo da Bahia pelo São Francisco”, ficando Caeté, já em 1704, bastante povoada, contando entre seus principais fundadores os seguintes: Sebastião Pereira de Aguilar e sargento-mor Amaral, baianos famosos e riquíssimos; D. Maria Borba, irmã do tenente-general Manoel de Borba Gato, casada com Manoel Rodrigues Goes; frei Simão de Santa Tereza, que aqui iniciou, em 1704, a construção da igreja do Rosário e ainda o famoso Manoel Nunes Viana que se estabeleceu no sopé da Serra da Piedade, de onde apurou – segundo Antonil – outro tanto talvez da riqueza que Borba Gato acumulou em Sabarabuçu (Sabará), que foi de 50 arrobas de ouro.
Citado o nome desse último povoador, ocorre mencionar a fratricida luta que se desenrolou em 1707 nestas paragens e que é fato marcante na história do Brasil, a Guerra dos Emboabas.
Vitorioso, Nunes Viana, que chefiava a rebelião, é sagrado pelo frade Francisco Menezes e seus companheiros como “ditador de Minas”.
Tal estado de coisas só teve solução com o trabalho hábil do recém-nomeado governador das províncias reunidas do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas, Antônio Albuquerque Coelho de Carvalho que sucedera a D. Fernando Martins Mascarenhas de Alencastro.
Combinado, por intermédio do frade Miguel Ribeiro, um encontro entre Nunes Viana e o novo Governador, este o recebeu com benevolência e simpatia e para dar ao acontecimento “um caráter solene, convocou sob a regência de El-rei o governo supremo das Minas.
Caeté foi elevada à vila a 29 de janeiro de 1714 por D. Braz Baltazar da Silveira.

Distrito criado com a denominação de Vila Nova da Rainha, por Carta Régia de 16-02-1724, e Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Vila Nova da Rainha, em 29-01-1714, pelo governador do D. Braz Balthazar da Silveira. Instalada em 14-02-1714.
Pela Resolução de 30-06-1833, a vila é extinta.
Elevado novamente à categoria de vila com a denominação de Caeté, pela Lei Provincial n.º 171, de 23-03-1840, desmembrado do município de Sabará. Sede na antiga povoação de Vila Nova da Rainha. Constituído do distrito-sede.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Caeté, pela Lei Provincial n.º 1.258, de 25-11-1865.
Pela Lei Provincial n.º 2.709, de 30-11-1880, e Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Morro Vermelho e anexado ao município de Caeté.
Pela Lei Estadual n.º 113, de 20-06-1890, e Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de União e anexado ao município de Caeté.
Pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, são criados os distritos de Cuibá e Penha e anexados ao município de Caeté.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 7 distritos: Caeté, Cuiabá, Morro Vermelho, Penha, União, Roças Novas, Taquarassu esses dois últimos desmembrados do município de Sabará.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, desmembra do município de Caeté o distrito de Cuiabá transferido para o município de Sabará. Pela referida Lei Estadual é criado o distrito de Antônio dos Santos com terras desmembradas dos distritos de Penha e Roças Novas e anexado ao município de Caeté.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 7 distritos: Caeté, Antônio dos Santos, Morro Vermelho, Penha, Roças Novas, Taquarassu. União.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, os distritos de Penha passou a denominar-se Penedia e União a chamar-se União de Caeté. E ainda pelo mesmo Decreto o distrito de Taquarasu passou a grafar Taquaraçu.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 7 distritos: Caeté, Antônio dos Santos, Morro Vermelho, Penedia (Penha), Roças Novas, Taquaraçu (ex-Taquarassu) e União de Caeté (ex-União).
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 7 distritos: Caeté, Antônio dos Santos, Morro Vermelho, Penedia, Roças Novas, Taquaraçu, e União de Caeté.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Lei Estadual n.º 2.764, de 31-12-1962 desmembra, do município de Caeté, os distritos de Taquaraçu. Elevado à categoria de município coma denominação de Taquaraçu de Minas e União de Caeté. Elevado à categoria de município com a denominação José de Melo.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 5 distritos: Caeté, Antônio dos Santos, Morro Vermelho, Penedia e Roças Novas.
Pela Lei Estadual nº 3160 de 11/09/2018 é criado o distrito denominado Rancho Novo, com sede no povoado de Rancho Novo e alterado os limites dos distritos de Penedia e Antônio dos Santos.
Em divisão territorial datada de 2020, o município é constituído de 6 distritos: Caeté, Antônio dos Santos, Morro Vermelho, Penedia, Roças Novas e Rancho Novo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.