Apesar dos escassos registros existentes, sabe-se que uma caravana encabeçada por José do Carmo Goulart de Andrade e sua esposa Maria Leopodina Vilela Junqueira, compondo o grupo, também parentes, amigos e escravos do casal, vindos de Minas Gerais, principalmente das cidades de São João Del Rei, Prata e Sacramento, adentram ao sertão goiano e, trazendo consigo apenas um pequeno rebanho bovino, chega à região e aqui se instala em meados de 1839.
Em 1845, é construída a primeira capela em devoção ao Divino Espírito Santo, padroeira da comunidade, a partir daí o povoado começa a adquirir aspecto de cidade com aparência das existentes ao Sul de Minas Gerais cuja base econômica se dava apenas pela criação de gado e cultivo de lavoura para subsistência da população local.
Desta forma, seduzidos pelas terras rudimentares de Goiás, mais imigrantes, procedentes também de Minas Gerais, chegam à região do sudoeste goiano.
Com isso, o Senhor José do Carmo Goulart de Andrade e sua esposa Maria Leopodina Junqueira Vilela, resolveram ir à Capital da Província de Goiáz, a época Cidade de Goiás, requerer 4 (quatro) lotes dessas terras, localizadas na bacia do Rio Caiapó, Rio Claro e Rio Bonito. Os quais foram concedidos em 1856.
As terras foram divididas das seguintes formas: Fazenda Três Pontes, ficando para o casal Capitão José Junqueira Vilela e Maria Esméria Vilela; Fazenda Campo Belo para Joaquim José Junqueira Vilela e sua esposa Antônia Maria Vilela; Fazenda Babilônia para o casal Gabriel Junqueira Vilela e Felicidade Esméria Vilela e, por derradeiro, Fazenda Torres do Rio Bonito para o casal José do Carmo Goulart de Andrade e Maria Leopodina Junqueira Vilela.
Pelo fato, das terras do senhor “Major Neca”, ou seja, Fazenda Torres do Rio Bonito, se encontrarem bem localizadas geograficamente, ou seja, o famoso acidente geográfico “Gigante Adormecido” o qual se encontrava no vale do Rio Bonito, com uma altitude privilegiada e ainda por conter o córrego (Buriti) que se prestou a fornecer água às pessoas daquela época, foi feita uma doação de cerca de 700 (setecentos) alqueires em favor da capela do Divino Espírito Santo, padroeiro do povoado, para a formação da comunidade.
O lugarejo, em 1864, recebeu o mesmo nome da terra da qual se originou, isto é: Torres do Rio Bonito.

Distrito criado com a denominação de Torres do Rio Bonito, pela Lei ou Resolução Provincial n.º 1, de 05-11-1855, subordinado ao município de Rio Verde.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Torres do Rio Bonito, pela Lei ou Resolução Provincial n.º 508, de 29-07-1873, desmembrado de Rio Verde. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-01-1874.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município já denominado Rio Bonito é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto n.º 4, de 13-12-1930, é criado o distrito de Baliza e anexado ao município de Rio Bonito.
Em divisão administrativa referente ao de 1933, o município aparece com 3 distritos: Rio Bonito, Bom Jardim e Baliza.
Pela Lei Estadual n.º 91, de 27-10-1936, alterado em seus limites pelo Decreto-lei n.º 5.911 de 11-07-1942, são desmembrados do município de Rio Bonito os distritos de Baliza e Bom Jardim, para formar o novo município de Baliza.
Pelo Decreto-lei n.º 8.305, de 31-10-1943, o município de Rio Bonito passou a denominar-se Caiapônia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município já denominado Caiapônia é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 87, 11-11-1952, é criado o distrito de Piranhas e anexado ao município de Caiapônia.
Pela Lei Estadual n.º 812, de 14-10-1953, é desmembrado do município de Caiapônia o distrito de Piranhas. Elevado à categoria de município.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 7.188, de 12-11-1968, é criado o distrito de Palestina e anexado ao município de Caiapônia.
Pela Lei Estadual n.º 7.215, de 13-11-1968, é criado o distrito de Doverlândia e anexado ao município de Caiapônia.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Caiapônia, Doverlândia e Palestina.
Pela Lei Estadual n.º 9.196, de 14-05-1982, é desmembrado do município de Caiapônia o distrito de Doverlândia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 18-VIII-1988, o município é constituído de 2 distritos: Caiapônia e Palestina.
Pela Lei Estadual n.º 10.404, de 30-12-1987, é desmembrado do município de Caiapônia o distrito de Palestina. Elevado à categoria de município com a denominação de Palestina de Goiás.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.