Quando de sua entrada pelos sertões dos guaiases em 1722, Bartolomeu Bueno da Silva, o filho, descobriu na fralda da serra um ribeirão que mais tarde recebeu o nome de Caldas. Sendo quente suas águas, chamou-lhe a atenção, passando então a acompanhar seu curso até a nascente, que era em uma serra.
Encontrando ali vestígios de ouro, contornou a serra, vindo assim a descobrir mais fontes termais para o lado do ocidente. Após encontrar o ouro, Bueno prosseguiu viagem, deixando pràticamente esquecidas as águas termais, que mais tarde não deixaram de ser procuradas por doentes.
Foram essas águas que deram origem à aglomeração de lavradores, que promoveram meios de fundar uma localidade com assistência religiosa e administrativa. 1tsse movimento foi dirigido por Martinho Coelho de Siqueira, que requereu sesmaria e passou, por sucessão, a seu filho Antôoi.o Coelho de Siqueira, tendo antes deixado Santa Luzia, estabelecendo-se na região, nas proximidades das Caldas de Santa Cruz.
Grande amador da arte venatória, Martinho Coelho se embrenhava pelas matas e campos à procura de caça.
Em certo dia do ano de 1777, embrenhou-se em um bosque, quando sua atenção é chamada pelos ganidos da matilha, que, no ardor da corrida haviam-se lançado em umas águas que se encontravam no caminho. Verifica, assim, serem as mesmas excessivamente quentes.
Foram, então, descobertas as fontes termais que ficaram conhecidas como Caldas de Pirapitinga. Ainda naquele mesmo ano, Martinho Coelho descobre, a 16 de fevereiro, as fontes termais que margeiam o córrego de Lavras, que receberam o nome de Caldas Novas (atualmente ali, se localiza o Balneário Municipal). Ao mesmo tempo, descobriu também ouro em grande quantidade, sendo a razão de haver requerido sesmaria naquela região. Construindo uma propriedade à margem esquerda do córrego de Lavras, ali se estabeleceu, denominando o local de Fazenda das Caldas, passando a dedicar-se à extração de ouro que existia em grande quantidade.
Propagada a existência do ouro das Lavras, levas de garimpeiros dirigiram-se ao local no afã de fazer fortuna. O serviço de garimpagem dia a dia tornava-se mais intenso, formando-se grandes lavras ao longo do córrego, pouco acima das fontes. Por esse motivo, recebeu o nome de córrego das Lavras. Não ·apenas os garimpeiros atraíam os forasteiros como também as fontes termais arrastavam ao local certo número de enfermos.
Com o movimento, foram sendo construídas as primeiras habitações que se enfileiravam ao longo do córrego, nas imediações da fazenda Caldas, formando-se 'assim a primeira povoação, que fica hoje ao lado oposto da atual cidade de Caldas Novas, na margem esquerda do ribeirão.

Distrito criado com a denominação de Caldas Novas pela Lei Provincial n.º 6, de 05-10-1857, subordinado ao município de Morrinhos.
Elevado à categoria de município com a denominação de Caldas Novas pela Lei Estadual n.º 393, de 05-07-1911, sendo desmembrado de Morrinhos. Sede no atual distrito de Caldas Novas. Constituído do distrito sede. Instalado em 21-10-1911.
Pela Lei Municipal n.º 44, de 13-11-1916, é criado o distrito de Boa Vista do Marzagão e anexado ao município de Caldas Novas.
Nos quadros do Recenseamento Geral de 1-IX-1920 o município é constituído de 2 distritos: Caldas Novas e Boa Vista do Marzagão.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Caldas Novas pela Lei Estadual n.º 724, de 21-06-1923.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 2 distritos: Caldas Novas e Boa Vista do Marzagão.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município aparece constituído de 3 distritos: Caldas Novas, Boa Vista do Marzagão e São Sebastião do Sapé.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 557, de 30-03-1938, o distrito de Boa Vista do Marzagão teve sua denominação simplificada para Marzagão.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o distrito de Sapé foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Caldas Novas.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 2 distritos: Caldas Novas e Marzagão.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 76, de 23-04-1952, é criado o distrito de Água Limpa e anexado ao município de Caldas Novas.
A Lei Estadual n.º 336, de 18-06-1949, a Lei Estadual n.º 954, de 13-11-1953, complementada pela Lei Estadual n.º 1.274, de 14-11-1953, desmembram do município de Caldas Novas os distritos de Marzagão e Água Limpa, para formarem o novo município de Marzagão.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.