Os primeiros sesmeiros que se estabeleceram na região foram: o Sargento-Mor Boaventura José Centeno, o Sr. Antônio Lopes Duro e o Capitão Joaquim Gonçalves da Silva (pai de Bento Gonçalves). A história de Camaquã tem início em 9 de dezembro de 1815, quando foi concedida a licença para a criação da Capela Curada de São João Batista de Camaquã, construída em terreno doado pelo Capitão, considerado fundador do município. Entretanto, o povoamento, não se efetuou, em virtude da falta de água nas proximidades da capela, que pudesse suprir as necessidades da povoação. Esta é a primeira data oficial consolidando a criação de uma comunidade. É, portanto, seu fundador, segundo pesquisas do historiador Luis Alberto Cibilis, o Capitão Joaquim Gonçalves da Silva, doador do primeiro terreno para construção da Capela e o requerente da provisão que a criou.

A região onde atualmente está localizado Camaquã já era conhecida desde os tempos coloniais de 1714. Por volta de 1763 diversos casais açorianos foram descendo para o Sul, localizando-se na margem esquerda do Estuário Guaíba e da margem direita da Laguna dos Patos, fundando fazendas e charqueadas até o rio Camaquã.
O povoamento da região foi despertado pelo interesse religioso e pecuário. A população cresceu com a vinda dos imigrantes: portugueses, franceses, poloneses, alemães, espanhóis, negros e com os já donos desta terra os irmãos indígenas. Constava do extenso território da Freguesia do Triunfo, as sesmarias do Cordeiro, do Duro e do Cristal de propriedade do Capitão Joaquim Gonçalves da Silva, pai de Bento Gonçalves, que ao doar terreno na atual localidade da Capela Velha, 8º distrito requereu autorização para fundar a Capela Curada de São João Batista de Camaquã.
A 19 de abril de 1864, a Lei Municipal nº 569 cria o município de São João Batista de Camaquã. Camaquã possui também a riqueza de fatos históricos decorrentes do período da Revolução Farroupilha (1835-1845).
Em 1844, foi erguida uma nova capela em terras doadas por Ana Gonçalves da Silva Meirelles, à margem esquerda do Arroio Duro, local onde hoje se situa a cidade. Assim, alguns historiadores também destacam D. Ana como fundadora de Camaquã.

Bento Gonçalves era filho de estancieiros ricos. O capitão Joaquim Gonçalves da Silva, seu pai, possuía terras na Piedade, em Triunfo, e no Cristal, cercanias do Passo do Camaquã. Já sua mãe, era neta de Jerônimo de Ornellas, dono da sesmaria sobre a qual surgira Porto Alegre.

Essas sesmarias englobavam toda a cidade: tinha a sesmaria do Cristal, Sesmaria do Cordeiro e outra, eram três. Depois, com a morte de Joaquim Gonçalves, Bento, Ana e Antônia dividiram as terras.

A Vila da Pacheca é a região mais importante da cidade em termos de vestígios históricos. Todas as casas da vila estão na beira do Rio Camaquã que era, para esse povoado, o acesso ao mundo. Ali, está a casa de Manoel da Silva Pacheco, considerado fundador de Camaquã, apesar das controvérsias. A vila é conhecida Pacheca porque, quando ele faleceu, sua esposa ficou administrando a fazenda. A localidade viveu um surto de progresso devido às granjas. Em 1922, tinha telefônica e pista de pouso da Varig.

Na Pacheca existem outros lugares históricos: a Fazenda da Tapera, sesmaria dos Centenos; a da Barra, próximo ao atracadouro da balsa que passa para a ilha de Santo Antônio. Ali tem o local da primeira casa de D. Antônia Gonçalves da Silva, irmã de Bento Gonçalves. A fazenda chegou a ter 500 empregados na década de 20.
Quando Garibaldi chegou à Sesmaria do Brejo, também de propriedade de D. Antônia, já encontrou dois lanchões em construção, sob a orientação do norte-americano John Griggs. Nos galpões da velha charqueada o governo republicano mandou construir o seu estaleiro. No final da Revolução Farroupilha, bento Gonçalves se recolheu à Estância do Cristal, então em Camaquã.
Como destaque os heróis como o General Bento Gonçalves da Silva, o general Antônio de Souza Netto, proclamador da República Rio-Grandense e o Revolucionário Italiano Giuseppe Garibaldi com sua fiel e brava companheira Anita Garibaldi.

Atualmente, o município, cortado pela BR 116, possui duas áreas de topografias distintas: a zona da várzea, onde predominam as grandes e médias propriedades, dedicadas à pecuária e às lavouras de arroz e soja; e a zona da serra, onde predominam as pequenas e médias propriedades dedicadas ao plantio da soja, milho, feijão, fumo e mandioca. Esta região apresenta ainda uma rara paisagem, composta por cascatas e cachoeiras.

Origem do nome
Dentre os diversos significados dados ao município de Camaquã o mais adequado segundo o autor Antonio Cândido Silveira Pires é o de rio correntoso ou rio forte. Camaquã vem de Icabaquã e na língua tupi-guarani I significa rio, água e Cabaquã quer dizer velocidade, correnteza. Então podemos concluir que o nome de nosso município vem do rio Camaquã que passa em nossa cidade.