O primeiro núcleo colonizador do município deu-se com a povoação de Uruá, que passou a chamar-se Vila de Canguaretama, em virtude da transferência da sede de Vila Flor, ocorrida com a expulsão dos Jesuítas, em 1885.
O missionário capuchinho Frei Serafim de Catânia deu à freguesia o nome de Penha.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Vila Flor, por Carta Régia de 1769 e Resolução do Conselho do Governo de 11-04-1833. Sede na povoação de Vila Flor.
Pela Lei Provincial n.º 367, de 19-07-1858, foi transferida a sede da povoação de Vila Flor para a povoação de Uruá com a denominação de Canguaretama.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Canguaretama, pela Lei Provincial n.º 955, de 16-04-1885.
Pela Lei Estadual n.º 2, de 16-11-1892, são criados os distritos da Vila Flor e Baia Formosa e anexados ao município de Canguaretama.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 3 distritos: Canguaretama, Baía Formosa e Vila Flor.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído do distrito sede, não figurando os distritos de Baía Formosa e Vila Flor.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 603, de 31-10-1938, é recriado o distrito com a denominação de Vila Flor e anexado ao município de Canguaretama.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 44, de 22-04-1940, baixado em comprimento ao Decreto-lei Federal n.º 2.104, de 02-04-1940, o distrito de Vila Flor passou a denominar-se simplesmente Flor.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Canguaretama e Flor.
Pela Lei Estadual n.º 146, de 23-12-1948, o distrito de Flor passou a denominar-se Vila Flor.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 2 distritos: Canguaretama e Vila Flor.
Pela Lei Estadual n.º 958, de 30-11-1953, é criado o distrito de Baía Formosa (ex-povoado) e anexado ao município de Canguaretama.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Canguaretama, Baía Formosa e Vila Flor.
Pela Lei Estadual n.º 2.338, de 31-12-1958, é desmembrado do município de Canguaretama o distrito de Baía Formosa. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Canguaretama e Vila Flor.
Pela Lei Estadual n.º 3.052, de 31-12-1963, é desmembrado do município de Canguaretama o distrito de Vila Flor. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.