A denominação do município de Capitão vem do primeiro dono dessas terras: Capitão Francisco Silvestre Ribeiro que recebeu o título de Capitão da 4ª Companhia da guarda Nacional no dia 23 de novembro de 1846. Francisco Silvestre Ribeiro nasceu por volta de 1790/1792 na localidade de Vila Nova da Rainha (atual município de Caeté – Minas Gerais) era filho de Fernando Rodrigues Braga e Ana Teresa de Jesus. Conforme pesquisa realizada, Francisco Silvestre Ribeiro veio de Minas Gerais para o sul do Brasil com seus pais e um irmão ainda pequeno, teria entre 3 e 5 anos de idade. De Minas Gerais, a família veio a radicar-se no município de Estreito, seguindo depois em Osório e, finalmente, Porto Alegre.
Francisco Silvestre Ribeiro faleceu, conforme atestado de óbito, em 18 de junho de 1848, de moléstia interior, aos 55 anos e foi sepultado no cemitério da Catedral em Porto Alegre.
Em 1830, o irmão do Capitão Francisco Silvestre Ribeiro, o Tenente – Coronel da Guarda Nacional Vitorino José Ribeiro, já concentrava grande extensão territorial no Vale do Taquari e, tudo leva a crer, que Francisco Silvestre Ribeiro teria sido atraído ao Vale pelo próprio irmão.
Em 15 de outubro de 1844, Francisco Silvestre Ribeiro adquiriu uma data de terra na Fazenda São Caetano (atual município de Arroio do Meio), comprando-a de Antônio de Azambuja Vilanova e, em 16 de março de 1846, recebeu do governo provincial – por concessão – terras e matos no fundo da Fazenda São Caetano, na margem direita do Rio Taquari para o arroio Jacaré. Ao que se percebe, a concessão de 1846 situava-se em terras devolutas e era uma continuidade da data que comprara. De acordo com as pesquisas e o desenrolar histórico, o município de Capitão estaria situado sobre essas terras.
A presença do Capitão Francisco Silvestre Ribeiro no Vale do Taquari pode ser comprovada através de um ofício datado de 12 de maio de 1842 onde comunica ao Presidente da Província que havia regressado de sua fazenda São Caetano, localizada acima de Taquari. E, a primeira vez que aparece a denominação das terras que hoje correspondem ao atual município de “Capitão” é no inventário de D. Balbina Marques, primeira esposa de Custódio Silvestre Ribeiro, falecida no dia 2 de abril de 1890.
Após sua morte, essa propriedade, toda denominada São Caetano, foi dividida entre a esposa e os filhos. Após a partilha os herdeiros inseriram-se nos lucrativos negócios imobiliários, vendendo, gradativamente, suas partes a grande empreendedores, como os Fialho de Vargas e Antônio Israel Ribeiro.
A partir da Lei de Terras de 1850 iniciou-se o processo de colonização do território de Capitão.

Distrito criado com a denominação de Capitão pela Lei Municipal nº 46, de 20/12/1965, subordinado ao município de Arroio do Meio.
Desmembrado de Arroio do Meio e Nova Bréscia, Capitão é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 9.561, de 20/03/1992. O município é instalado em 1º/01/1993, constituí­do do distrito-sede.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.