Os índios tapes e caingangues foram os primeiros personagens da história deste município. Catuípe, em tupi-guarani, significa “lugar de água boa” (catu: “bom”; i: “água, rio”; pe: “locativo ou lugar de”). Na verdade, os índios missioneiros denominavam esta região de Catupe, “lugar bom para viver ou morar”. Posteriormente, não se sabe exatamente quando, foi acrescido o i, provavelmente pelo fato de existirem dois pequenos rios, fontes de águas límpidas.
A história do município também está ligada ao tropeirismo, que trouxe visitantes de Sorocaba (SP) e outros lugares do país. Ao longo dos anos, esse percurso deu origem a alguns povoados. Foi com a chegada do trem ao Rincão da Natureza, porém, que se estabeleceu um novo marco histórico, a colonização. Até 1960, o trem seria o principal meio de transporte de Catuípe.
A colonização iniciou em 1915, às margens do Rio Branco, em terras que anteriormente pertenceram aos espanhóis. Para construir suas casas e lavouras, os colonos tiveram que abrir, primeiramente, picadas e clareiras na mata.
O município de Catuípe, conhecido como a “Terra das Águas Minerais”, foi criado oficialmente em 16 de outubro de 1961.

Distrito criado com a denominação de Estação Rio Branco pelo Ato Municipal nº 9, de 10/02/1901, subordinado ao município de Santo Ângelo.
Pelo Decreto Estadual nº 7.199, de 31/03/1938, o distrito de Estação Rio Branco passa a chamar-se Rio Branco.
Pelo Decreto Estadual nº 7.842, de 30/06/1939, o distrito de Rio Branco toma a denominação de Catuípe.
Desmembrado de Santo Ângelo e Ijuí, Catuípe é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 4.156, de 16/10/1961. O município é constituído de três distritos: Catuípe, Chiapetta e Inhacorá, todos desmembrados de Santo Ângelo.
Pela Lei Estadual nº 5.155, de 15/12/1965, o distrito de Chiapetta é desmembrado de Catuípe e elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal nº 161, de 06/01/1970, é criado o distrito de Santa Tereza e anexado ao município de Catuípe.
Pela Lei Municipal nº 369, de 1º/03/1977, é criado o distrito de Colônia das Almas e anexado ao município de Catuípe.
Pela Lei Municipal nº 494-A, de 1º/04/1980, alterada pela Lei Municipal nº 652, de 09/08/1985, é criado o distrito de Passo Burmann (ex-localidade) e anexado ao município de Catuípe.
Pela Lei Municipal nº 718, de 08/05/1988, é criado o distrito de Esquina Bom Sucesso e anexado ao município de Catuípe.
Pela Lei Estadual nº 9.568, de 20/03/1992, o distrito de Inhacorá é desmembrado de Catuípe e elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de cinco distritos: Catuípe, Colônia das Almas, Esquina Bom Sucesso, Passo Burmann e Santa Tereza.
Pela Lei nº 1.045, de 09/05/1996, são criados os distritos de Pontão Santo Antonio e Esquina Brasil Neves e anexados ao município de Catuípe.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de sete distritos: Catuípe, Colônia das Almas, Esquina Bom Sucesso, Esquina Brasil Neves, Passo Burmann, Pontão Santo Antonio e Santa Tereza.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.