Em 1875 os primeiros imigrantes chegaram a Cerejeiras, sua história teve início no século XVIII, com o acampamento fundado às margens do rio Guaporé, pelo capitão, Antônio Rolim de Moura. Este acampamento, posteriormente, foi ocupado por escravos, em sua maioria, fugidos de Vila Bela e passou a ser então um ponto de apoio à navegação do rio Guaporé.
O vilarejo ficou estagnado à margem da civilização durante quase dois séculos. Em 3 de janeiro de 1907 a colocação de um cruzeiro de bronze foi o marco, embora não existam registros, os moradores dizem que essa cruz foi levada pela família de um alemão que, em viagem pelo rio Guaporé, ali faleceu vitimado pela febre amarela.
Com a Segunda Guerra Mundial veio a necessidade do extrativismo da borracha, abundante na região amazônica, inclusive na localidade que marca os primórdios de Cerejeiras. Época de grande imigração nordestina para o local, os chamados soldados da borracha, que vinham para colaborar no esforço de guerra dos aliados.
Em 1943 foi construída uma pista de pouso para aviões Catalina que traziam e levavam os 'soldados da borracha' nordestinos. Nesse ano que iniciou um processo de aumento da população com a instalação desses imigrantes. Com o fim da Segunda Guerra Mundial e o custo da borracha brasileira, foi diminuindo até sumir por completo. Da mesma maneira, o lugarejo, ficou estagnado até o início do processo de ocupação do Estado, a partir da década de 60.
Devido à existência de alguns aglomerados urbanos na região a as informações sobre a qualidade das terras, o INCRA, em 4 de outubro de 1973, criava o Projeto Integrado de Colonização Paulo Assis Ribeiro, implantado em 21 de agosto do ano seguinte na gleba Guaporé, onde se instalaram as primeiras famílias.
Uma precária estrada de penetração foi aberta seguindo a mesma direção proposta pelo Major, Alecariense Costa, nas margens da qual, e no final, agricultores postaram-se abrindo clareiras e plantando nas terras férteis. No Referenciado Projeto Integrado de Colonização Paulo Assis Ribeiro, inicialmente chamado de colorado, surgiu uma povoação no cruzamento da linha terceira, eixo com a linha três, onde existia a Fazenda Escondido. Início do núcleo urbano que deu início a atual cidade de Cerejeiras.
O Núcleo Urbano de Apoio Rural, que surgiu naquele local, recebeu o nome de Cerejeiras devido à existência em abundância da árvore que lhe empresta o nome, cuja madeira é utilizada na construção civil de luxo, carpintaria e construção naval.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Cerejeiras, pela Lei Estadual n.º 71, 05-08-1983, alterado em seus limites pelo Decreto Estadual n.º 1.396, de 10-08-1983, desmembrado do município de Colorado do Oeste. Sede no atual distrito de Cerejeiras (ex-localidade de Cerejeiras). Constituído do distrito de 2 distritos: Cerejeiras e Pimenteiras, ambos criados pela mesma lei acima citado. Instalado em 30-12-1984.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Cerejeiras e Pimenteiras.
Pela Lei Estadual n.º 645, de 27-12-1995, desmembra do município de Cerejeiras o distrito de Pimenteiras. Elevado á categoria de município com a denominação de Pimenteiras do Oeste.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído do distrito.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.