O nome de Cipó ter-se-ia originado da existência de um cipoal com uma fonte às margens do rio Itapicuru.
Em 1730, o padre Antônio Monteiro Freire, donatário de uma sesmaria no sertão do Itapicuru de Cima, dirigiu uma representação ao Vice-Rei do Brasil a respeito da utilização das águas termais da região.
Porém, apenas em 1829 o Governo da Província mandou construir, pelo Capitão-mor João Dantas, um estabelecimento de banhos nas fontes da Missão da Saúde, a um quilômetro da Vila de Itapicuru. Em 1833 a Câmara local participava a conclusão das obras.
Já em 1831, a Lei provincial n.º 186 mandava construir, no lugar denominado Mãe d’Água de Cipó, uma casa para abrigo dos doentes que procuravam aquelas fontes.
Em 1843, a Assembleia mandou construir outra casa, que, como a primeira passou a ser chamada “Casa da Nação”. Muito tempo depois, as duas casas abandonadas ruíram devido a uma das enchentes do rio.
Várias tentativas foram feitas para a construção de um balneário, mas somente em 1928 foi concedida permissão para exploração industrial das águas.

Elevado à categoria de município com a denominação de Cipó, pelos Decretos Estaduais n.º 7.455, de 23-06-1931 e n.º 7.479, de 08-07-1931. Sede no antigo atual distrito de Cipó (ex-Arraial de Cipó). Constituído de 5 distritos: Cipó, Amparo, Pombal, Soure e Tucano. Instalado em 05-08-1931.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.237, de 29-01-1931, é criado o distrito de Novo Amparo e anexado ao município de Cipó.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.479, de 08-07-1931, Cipó adquiriu os territórios dos extintos municípios de Amparo e Tucano.
Pelo Decreto n.º 8.447, de 27-05-1933, é desmembrado do município de Cipó o distrito de Tucano. Elevado à categoria de município.
Pelo Decreto n.º 8.643, de 19-09-1933, é desmembrado do município de Cipó o distrito de Pombal. Elevado à categoria de município.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Cipó, Soure, Amparo e Novo Amparo.
Pelo Decreto n.º 9.600, de 18-07-1935, é desmembrado do município de Cipó, o distrito de Soure. Elevado à categoria de município.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 3 distritos: Cipó, Amparo e Novo Amparo.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Novo Amparo passou a denominar-se Heliópolis.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Cipó, Amparo e Heliópolis (ex-Novo Amparo).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 141, de 01-06-1944, o município adquiriu o extinto município de Soure, como simples distrito e pelo mesmo Decreto-lei Estadual o distrito de Amparo passou a denominar-se Ribeira do Amparo.
Pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, é desmembra do município de Cipó o distrito de Soure. Elevado à categoria de município com a denominação Nova Soure.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Cipó, Heliópolis e Ribeira do Amparo (ex-Amparo).
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 1.027, de 14-08-1958, são desmembrados do município de Cipó os distritos de Ribeira do Amparo e Heliópolis, para constituir o novo município de Ribeira do Amparo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.