Colniza foi projetada antes mesmo de ter moradores nela. Os primeiros povos a habitarem a região eram os seringueiros e ribeirinhos denominados “beiradeiros” que viviam às margens do rio Roosevelt. No ano 1986 começava a abertura das primeiras estradas, as primeiras ruas em meio a mata amazônica. Colniza começava a sair do papel, a empresa de colonização se instalou com suas equipes de mato e de construção onde hoje é chamado de “Colniza Velha” e lá construíram as primeiras casas que seriam habitadas pelos funcionários e familiares da empresa Colniza Colonização. As primeiras obras a se construírem no município foi a sede da colonizadora, uma escola estadual que é a escola Bernardino Gomes da Luz, um Posto de Saúde e o loteamento urbano com abertura de ruas e rural com abertura das linha vicinais que dão acesso ao que hoje se chama Projeto de Assentamento Perseverança Pacutinga. Também marca na história de Colniza a época de garimpos, o qual teve papel muito importante no desenvolvimento do município, esta atividade por um longo período foi quem manteve a economia local, os garimpos explorados na época eram garimpos de ouro conhecidos por: Garimpo do Moriru, Garimpo do Natalzinho e Garimpo do Santo Onofre ou Natal; as atividades de garimpo empregavam muita gente e traziam renda para o município, após a mudança de economia nos anos 90 houve a inviabilização dos garimpos, onde várias pessoas tiveram que procurar outras atividades para seu sustento. Este fato levou Colniza a um estado de cidade fantasma, as ruas estavam vazias, pois haviam restado somente 23 (vinte e três Famílias) e a maioria eram funcionários de uma fazenda de café, denominada por Kojima, nisto via-se que a salvação de Colniza seria a agricultura a longo prazo e de imediato, a madeira.
O Projeto de Assentamento Perseverança Pacutinga foi o primeiro projeto de assentamento que existiu no município. Logo após a implantação das estruturas essenciais, deu-se então a campanha de divulgação em todo o Brasil do promissor município que nascia e das terras baratas acessíveis a todos. O governo federal por sua vez em parceria com a colonizadora lançou a proposta para os sem-terras do Rio Grande do Sul para quem quisesse vir para Colniza teriam terras e ajuda de custo para permanecerem no município, e assim várias famílias aceitaram a proposta e foram trazidas com um avião do exército em 1991 e foram assentados no P. A Perseverança Pacutinga. Essas famílias por sua vez, tiveram dificuldades em se adaptar às adversidades encontradas sendo elas, doenças como malária, feridas no corpo causadas pelas picadas de mosquitos, falta de estradas, um longo período de chuvas, deixando-os ilhados, falta de comunicação e outros; diante destas adversidades poucas famílias permaneceram. Diante das dificuldades, a grande maioria das famílias retornou para suas cidades de origem, deixando tudo para trás e um município quase deserto, ficando poucos que ainda acreditavam que um município tão longínquo pudesse se desenvolver. A partir de 1994 um novo fluxo de imigração ocorreu, mas desta vez vindo do estado de Rondônia, pessoas que vinham de todos os lados do estado vinham atrás do sonho de ter sua própria terra, e esses, enfim, se apropriaram das terras devolutas que ainda existiam e grandes áreas de fazenda e assim se fixaram forçando o governo federal a realizar em grande parte do município, assentamentos rurais e assim se fez. Hoje Colniza está em segundo lugar no Estado em assentamento rural agrário. A partir daí o município não parou mais de crescer.

Distrito criado com a denominação de Colniza, pela Lei Municipal n.º 255, de 26-07-1994, subordinado mão município de Aripuanã.
Em divisão territorial datada de 1995, o distrito de Colniza figura no município de Aripuanã.
Elevado à categoria de município com a denominação de Colniza, pela Lei Estadual n.º 7.064, de 26-11-1998, desmembrado de Aripuanã. Sede no atual distrito de Colniza. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-2001.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 151, de 03-06-2004, é criado o distrito de Guariba e anexado ao município de Colniza.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de 2 distritos: Colniza e Guariba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.