O município originou-se de um projeto colonizador implantado no dia 13 de maio de 1959 pelo agrônomo Agostinho Reis. Na implantação, o projeto era chamado de Núcleo Colonial do Gurguéia.
Os administradores do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária INCRA, como Agostinho Reis, João Alfredo Gaze e Vidal Cortes, tiveram um papel importantíssimo no processo de desenvolvimento daquela municipalidade. O padre José de Anchieta também foi importante no desenvolvimento do projeto e na criação da cidade de Colônia do Gurguéia.
Atendendo uma solicitação de Dom Avelar Brandão Vilela numa reunião dos bispos do Nordeste em Campina Grande na Paraíba, o Presidente Juscelino Kubitschek de Oliveira, através do Decreto 39.284, de 30 de maio de 1956, criou o Núcleo Colonial no Vale do Parnaíba. Porém, como a área escolhida para implantação do projeto não atendia os requisitos para tal, olharam para a Região Sul do Piauí, e no Vale do Gurguéia encontraram área adequadas para um projeto de tamanha envergadura.
A escolha recaiu sobre essa área em função da fertilidade dos solos aluviais às margens do Rio Gurguéia e dos baixões de Lagoa Cercada.
Após muitas tentativas de Dom Avelar Brandão Vilela, no dia 13 de maio de 1959, o agrônomo Agostinho Reis que aceitara ser o primeiro administrador do projeto, lançou no Vale do Gurguéia, na gleba Piripiri, a pedra fundamental de instalação do projeto colonizador.
Como parte da solenidade, o Padre José de Anchieta celebrou uma missa debaixo de um pé de pau d’arco na presença de algumas autoridades e em torno de 46 ribeirinhos, moradores das cercanias.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Colônia do Gurguéia, pela Lei Estadual n.º 4.477, de 29-04-1992, desmembrado de Eliseu Martins.
Sede no atual distrito de Colônia do Gurguéia (ex-povoado de núcleo do Gurguéia).
Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1997, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.