A ocupação paraense nos territórios que constituem este município data dos tempos coloniais. Em 1897, Frei Gil de Vila Nova fundou, no território de Baião, um arraial com o nome de Conceição do Araguaia, que passou à categoria de Freguesia, em 14 de abril de 1900.
O nome Conceição é português. Trata-se de uma homenagem à padroeira da localidade original, Nossa Senhora da Conceição. Araguaia é uma expressão tupi que, segundo Theodoro Sampaio, significa “rio do vale dos papagaios”.

Freguesia criada com a denominação de Conceição do Araguaia (ex-povoado), em 14-04-1900, subordinado ao município de São João do Araguaia.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Conceição do Araguaia, pela Lei Estadual n.º 1.091, de 03-11-1908, desmembrado de São João do Araguaia. Sede na antiga vila de Conceição do Araguaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 10-01-1910.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Elevado à condição de cidade, pela Lei Estadual n.º 1.905, de 18-10-1920.
Pelo Decreto Estadual nº 6, de 04-11-1930, o município de Conceição do Araguaia foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Belém.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Conceição do Araguaia, pela Lei Estadual n.º 8, de 31-10-1935, desmembrado de Belém. Sede no antigo distrito de Conceição do Araguaia. Constituído do distrito sede. Não temos a data de sua reinstalação.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 5 distritos: Conceição do Araguaia, Araguaia, Santa Maria das Barreiras, Gameleiras e Santa Teresa do Morro de Areia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 2.972, de 31-03-1938, o distrito de Araguaia e Gameleiras foram anexados ao distrito sede do município de Conceição do Araguaia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 3.131, de 31-10-1938, o distrito de Santa Teresa do Morro de Areia foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Santa Maria das Barreiras.
No quadro fixado, para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: Conceição do Araguaia e Santa Maria das Barreiras.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos:
Conceição do Araguaia e Santa Maria das Barreiras.
Pela Lei Estadual n.º 2.460, de 29-11-1961, é criado o distrito de São Geraldo do Araguaia e anexado ao município de Conceição do Araguaia. Pela mesma lei acima citada, é desmembrado do município de Conceição do Araguaia o distrito de Santana do Araguaia (ex-Santa Maria das Barreiras). Elevado à categoria de município com esta denominação.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Conceição do Araguaia e São Geraldo do Araguaia.
Pela Lei Estadual n.º 4.568, de 04-06-1975, é criado o distrito de Redenção e anexado ao município de Conceição do Araguaia.
Em divisão territorial datada de I-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Conceição do Araguaia, São Geraldo do Araguaia e Redenção.
Pela Lei n.º 5.028, de 13-05-1982, é desmembrado do município de Conceição do Araguaia o distrito de Redenção. Elevado à categoria de município. Pela mesma lei acima citada, é desmembrado do município de Conceição do Araguaia o distrito de São Geraldo do Araguaia, para constituir o novo município de Xinguara.
Em divisão territorial datada de 18-VIII-1988, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.