Cotia é uma das mais antigas localidades ocupadas no planalto paulista, apesar da comemoração de seu aniversário contar apenas a partir da emancipação político–administrativa em 02 de abril de 1856. A origem de Cotia está ligada ao apresamento de índios. Cotia foi um dos pólos de produção de trigo com grande mão de obra indígena (para fornecimento de RJ e SP). Abastecia tropas entre portugueses e holandeses.
Com a fundação da Vila de Piratininga concentrada num pequeno núcleo próximo ao Pátio do Colégio, o cotidiano das famílias bandeirantes pioneiras acontecia mesmo nas fazendas no entorno da vila, onde cultivava–se produtos para subsistência e abastecimento das bandeiras; as fazendas também eram pontos de partida rumo ao sertão.
Antigas referências nas atas da Câmara de SP, apontam litígios entre colonos e moradores de Cotia, em disputas pela posse de terras e indígenas (final do século XVI e começo do século XVII). A presença indígena notada na região no século XVII é sobretudo proveniente do sul do País, em função do apresamento das bandeiras.
Em 1620/1630 existem referências mais insistentes à moradores de Cotia. Grande parte dos proprietários da região participou com Raposo Tavares da ida ao Guairá, famosa bandeira paulista. Em 1679, Cotia era um lugar que incluía Carapicuíba e Embu, excluindo as duas propriedades que pertenciam aos jesuítas (Aldeia de Carapicuíba e Aldeia de São João). Quem fundava as capelas e propriedades rurais eram os grandes captores de índios.
Por Cotia atravessavam antigas trilhas indígenas aproveitadas pelos bandeirantes, como o Caminho do Peabiru, e a trilha que ligava as Aldeias de M’Boy à Baroeri. Nomes como Fernão Dias Paes, Antônio Bicudo, Godói Moreira, Gonçalo Lopes, Paschoal Moreira Cabral, Belchior Borba Gato, entre outros, possuíam terras na região.
Fernão Dias Paes foi o responsável pela fundação da capela em louvor à Nossa Senhora do Monte Serrat, padroeira beneditina, na região conhecida como Caiapiá, em meados do século XVII (era tio do famoso sertanista de mesmo nome que partiu anos depois para Minas Gerais).
Já no século seguinte, em 1703, outra personalidade histórica, Estevão Lopes de Camargo, cede terras de propriedade de sua família para a transferência da capela de Nossa Senhora de Monte Serrat, no local onde encontra–se até hoje a Igreja Matriz.
Diferentes versões convergem para o nome da cidade; considerações em torno do tupi Akuti, Kuti, com significado de morada, a casa; Kutia significaria ainda ponto de encontro (por sua localização estratégica no encontro de trilhas indígenas); ainda foi apontada a versão em tupi indicando barco, canoa, pois Cotia sempre foi uma região pontuada por rios, riachos e ribeirões. No entanto, a versão mais lembrada para a origem do nome advém dos mamíferos roedores de mesmo nome, as kutis, considerados animais de estimação pelos indígenas. Quando os padres vieram catequizar os índios, espantavam–se ao ver as kutis acompanhando os índios para as roças, seguindo–os como se domesticadas fossem. Os caminhos que as kutis percorriam formavam sinuosas trilhas na mata, e nossa cidade teria ficado conhecida como região onde viviam as kutis (que até hoje podem ser encontradas em fragmentos florestais da cidade, como a Reserva Florestal do Morro Grande).

Freguesia criada com a denominação de Nossa Senhora do Monte Serrat de Cotia, em 1723, no município de São Paulo.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora do Monte Serrat de Cotia, pela Lei Estadual n.º 7, de 02-04-1856, desmembrado do município de São Paulo. Sede na antiga povoação de Nossa Senhora do Monte Serrat de Cotia. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-01-1857.
Elevado à condição de cidade com a denominação Cotia, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Cotia (ex-Nossa Senhora do Monte Serrat de Cotia), é constituído do distrito sede.
Pela Lei n.º 1.471, de 19-10-1920, é criado o distrito de Itapevi e anexado ao município de Cotia.
Em divisão referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Cotia e Itapevi.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é criado o distrito de Caucaia do Alto e anexado ao município de Cotia.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é criado o distrito de Jandira com terras desmembradas do distrito de Itapevi e anexado ao município de Cotia.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 4 distritos: Cotia, Caucaia do Alto, Itapevi e Jandira.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é desmembrado do município de Cotia o distrito de Itapevi. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Cotia, Caucaia do Alto e Jandira.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, é desmembrado do município de Cotia o distrito de Jandira. Elevado à categoria de município. Sob a mesma Lei Estadual é criado o distrito de Raposo Tavares e incorporado ao município de Cotia.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 3 distritos: Cotia, Caucaia do Alto e Raposo Tavares.
Pela Lei Estadual n.º 3.198, de 23-12-1981, é desmembrado do município de Cotia o distrito de Raposo Tavares, para constituir o novo município de Vargem Grande Paulista.
Em divisão territorial datada de 01-06-1995, o município é constituído de 2 distritos: Cotia e Caucaia do Alto.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.