As terras que compõem o atual município de Crateús foram outrora palmilhadas por Domingos Jorge Velho, o bandeirante que viveu erigindo vilas e vadeando rios, levando avante o povoamento de grande parte do nordeste. No final do século XVII, Dona Jerônima Cardim Fróis, viúva de Jorge Velho, sabendo que o seu marido havia varado aqueles sertões de lado a lado, reclamou em seu nome e no de outros herdeiros as vastas e imensas léguas de terra conquistadas pelo famoso bandeirante.
Em 1721, Dona Ávila Pereira arremata o soberbo vale pela quantia de 4.000 cruzados. A posse foi-lhe conferida na fazenda Lagoa das Almas, distante 78 quilômetros do local onde hoje se ergue a cidade de Crateús. A escritura trazia a chancela do Ouvidor de Oeiras, sede, então, da Capitania do Piauí. Propriedade tão imensa não poderia perdurar por longos anos. Dona Luiza Coelho da Rocha Passos, baiana, descendente da célebre Casa da Torre, adquire posse para fazenda de criar. Anos depois, chega João Ribeiro Lima, novo administrador de Dona Luiza, que fez erguer uma capelinha sob a invocação do Senhor do Bonfim. A imagem veio da Bahia, enviada pela fazendeira.
Durante muitos anos, Crateús foi chamada de Piranhas, pela abundância desse peixe que dominava os rios e os riachos das cercanias.

Elevado à categoria de vila e distrito, com a denominação de Príncipe Imperial, pela Lei Geral n.º 06-07-1832, sendo desmembrado de Castelo. Sede no núcleo de Piranhas.
Transferida da antiga província do Piauí, pelo Decreto Geral n.º 3.012, de 22-10-1880.
Pelo Decreto n.º 1, de 02-12-1889, a vila de Príncipe Imperial passou a denominar-se Crateús.
Elevado à categoria de cidade, com a denominação Crateús, pela Lei Estadual n.º 1.046, de 14-08-1911.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município aparece constituído de 3 distritos: Crateús, Barrinha e Santana.
Pela Lei Estadual n.º 2.677, de 02-08-1929, o distrito de Barrinha passou a denominar-se Ibiapaba. Sob a mesma Lei é criado o distrito de Irapuã e anexado ao município de Crateús.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município aparece constituído de 5 distritos: Crateús, Graça, Ibiapaba, Irapuã e Tucuns, não figurando o distrito de Santana.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, é extinto o distrito de Irapuã, sendo seu território anexado ao distrito de Cratéus. Sob o mesmo Decreto o distrito de Graça passou a denominar-se Chaves e foram criados os distritos de Oiticica e Poti, anexados ao município de Crateús.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 6 distritos: Crateús, Chaves ex-Graça, Oiticica, Poti, Tucuns e Ibiatataba.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Sussuarana passou a denominar-se Suassurana.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de 6 distritos: Crateús, Ibiapaba, Oiticica, Poti, Rosa e Tucuns.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 5 distritos: Iguatu, Alencar, Quixecó, Quixoá e Sussuarana.
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-1951, são criados os distritos de Irapuã, Montenebo e Tucuns e anexados ao município de Cratéus.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 8 distritos: Crateús, Ibiapaba, Irapuã, Montenebo, Oiticica, Poti, Santo Antônio e Tucuns.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
A Lei Estadual n.º 6.926, de 18-12-1963, desmembra do município de Crateús os distritos de Ibiapaba e Oiticica, para formarem o novo município de Ibiapaba. O mesmo Decreto desmembra do município de Cratéus o distrito de Montenebo, elevado à categoria de município com a denominação de Monte Nebo.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 5 distritos: Crateús, Irapuã, Poti, Santo Antônio e Tucuns.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de Crateús adquiriu os extintos municípios de Ibiapa e Montenebo.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 7 distritos: Crateús, Ibiapaba, Irapuã, Oiticica, Poti, Santo Antônio e Tucuns. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1995.
Pela Lei Municipal n.º 218, de 06-12-1996, foram criados os distritos de Assis, Curral Velho, Lagoa das Pedras, Realejo e Santana e anexados ao município de Crateús.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 13 distritos: Crateús, Assis, Curral Velho, Ibiapaba, Irapuã, Lagoa das Pedras, Montenebo, Oiticica, Realejo, Santana, Poti, Santo Antônio e Tucuns. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.