Antes de seu descobrimento, ocorrido nas últimas décadas do século XVII, a região era habitada pelos belicosos índios cariris, descendentes remotos dos primeiros imigrantes protomalaios chegados às costas americanas do Pacífico, e que se estabeleceram no sul do Ceará no século IX ou X.
A partir de 1714, o futuro município começou a receber colonizadores vindos da Bahia, de Sergipe e Pernambuco, atraídos pela paisagem e fertilidade do solo, “em cujos sesmos se instalaram por acostamento ou compra”.
A vida pastoril dominou a região até o ano de 1750, época em que tiveram início as instalações dos primeiros engenhos, vindos de Pernambuco. Data daí o desenvolvimento industrial da cana-de-açúcar, criadora da aristocracia rural do Cariri.

Distrito criado com a denominação de Crato, pela Provisão de 06-01-1768 e Ato de 18-03-1842.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Crato, em 17-08-1763, com sede em Aldeia do Brejo.
Elevada à condição de cidade com denominação de Crato pela Lei Provincial n.º 628, de 17-10-1853.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 2.359, de 26-07-1926, o distrito de Quixará deixa de pertencer ao município de Santana do Cariri, sendo anexado ao município de Crato.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.156, de 04-12-1933, o município de Crato adquiriu os extintos municípios de Ipueiras, Lameira e Monte Pio. Sob o mesmo Decreto é criado o distrito de Buriti e anexado ao município de Crato.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 6 distritos: Crato, Buriti, Ipueiras, Lameiro, Monte Pio, Quixará.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas 31-XII-1937.
Pela Lei n.º 268, de 30-12-1938, são desmembrados do município de Crato os distritos de Quixará e Monte Pio, para formarem o novo município de Quixará.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de Ipueiras passou a denominar-se Dom Quintino. Sob o mesmo Decreto é criado o distrito de Santa Fé com terras desmembradas dos distritos de Dom Quintino e Lameiro, ambos do município de Crato.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 5 distritos: Crato, Buriti, Dom Quintino, Lameiro e Santa Fé.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.114, de 3-12-1943, o distrito de Buriti passou a denominar-se Muriti.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Crato, Dom Quintino, Lameiro, Muriti ex-Buriti e Santa Fé.
Pela Lei Estadual n.º 3.931, de 26-11-1957, é criado o distrito de Ponta da Serra com terras desmembradas dos distritos de Santa Fé e Dom Quintino.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído 6 distritos: Crato, Dom Quintino, Lameiro, Muriti, Ponta da Serra e Santa Fé.
Pela Lei Estadual n.º 6.696, de 18-10-1963, é desmembrado do município de Crato o distrito de Dom Quintino, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 5 distritos: Crato, Lameiro, Muriti, Ponta da Serra e Santa Fé.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de Crato adquiriu o extinto município de Dom Quintino como distrito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 6 distritos: Crato, Dom Quintino, Lameiro, Muriti, Ponta da Serra e Santa Fé.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Municipal n.º 1.433, de 08-05-1991, é criado o distrito de Padre Cicero e anexado ao município de Crato.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído de 7 distritos: Crato, Dom Quintino, Lameiro, Muriti, Padre Cícero, Ponta da Serra e Santa Fé.
Pela Lei Municipal n.º 1.540, de 05-05-1994, foram criados os distritos de Baixio das Palmeiras, Belmonte, Campo Alegre, Monte Alverne e Santa Rosa e anexados ao município de Crato. Sob a mesma Lei o distrito de Padre Cícero passou a denominar-se Bela Vista e foram extintos os distritos de Muriti e Lameiro.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 10 distritos: Crato, Baixio das Palmeiras, Belmonte, Campo Alegre, Dom Quintino, Monte Alverne, Bela Vista, Ponta Serra, Santa Fé e Santa Rosa.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.