Fugindo à constante perseguição dos bandeirantes, os índios Cataguases se refugiaram nesta região, até que por volta de 1676, Lourenço Castanho Jacques, liquidou por completo aquela feroz tribo indígena.
Certamente, a partir dessa época, teve início o desbravamento e povoação do território do município.
A princípio os primeiros habitantes foram atraidos pelo cristal de rocha (quartzo hialino), que existia em abundância na região, sendo essa a origem do topônimo do município: CRISTAIS.
Posteriormente, devido à exaustão das jazidas, dificultando a extração do mineral, passaram os habitantes a se dedicarem à agricultura e a pecuária, que se tornaram os principais fatores de desenvolvimento do território.
Não hà documento conhecido que esclareça quais foram as primerias pessoas a se fixarem no local, porém admite a tradição, que foram Romão Fagundes e um senhor, lembrado apenas pelo nome de Peixoto, isso entre 1780 e 1800.
Admite-se, também, tenha sido uma capela dedicada à Nossa Senhora da Ajuda, a primeira edificação no local ( em alvenaria). Nessa capela, que é hoje a Matriz Paroquial, uma pia batismal, com a data de 1806 inscrita em seu pedestal, dá uma marco no tempo da construção, possivelmente por volta de 1800.
Em decorrência da intensa extração de cristal, o povoado da Capela de Nossa Senhora da Ajuda, rapidamente desenvolveu, pois já em 07 de setembro de 1880, era criado o distrito de Nossa Senhora da ajuda de Cristais, como parte do município de Tamanduá (hoje, Itapecerica).
Em fins de 1881 o distrito´passou a pertencer ao município de Campo Belo.
Criado o município de Cristais, em 1948, sua instalação ocorreu no dia 1° de janeiro de 1949.
Denomina-se Cristalense os naturais do município.

Formação Administrativa: O Distrito foi criado em 07-09-1880 pela Lei nº 2.611 e o município em 27 de dezembro de 1948, pela Lei nº 336.

Formação Judiciária: O município é componente da Comarca de Campo Belo.

O dia da cidade é comemorado em 04 de junho.