A história de Cruz Alta remonta ao final do século XVII, quando uma grande cruz de madeira foi erigida a mando do padre jesuíta Anton Sepp Von Rechegg em 1698, logo após a fundação de São João Batista nos Sete Povos Missioneiros.
Mais tarde, com a demarcação do Tratado de Santo Ildefonso em 1777, a linha divisória (Campos Neutrais) que separava as terras de Espanha das de Portugal, cortava o território rio-grandense pelos divisores de água exatamente por esse local onde existia a grande cruz e uma pequena Capela do Menino Jesus. A partir de então, este imenso corredor, recebeu um grande fluxo de pessoas das mais variadas atividades, como comerciantes, desertores do exército, contrabandistas, imigrantes, etc.
A cruz alta tornou-se ponto de invernada e um grande pouso para milhares de tropeiros oriundos das fronteiras com a Argentina e Uruguai, que se dirigiam até a Feira de Sorocaba para comercialização dos animais. O local consolidou-se ainda no final do século XVIII como Pouso dos Tropeiros e muitos passaram a residir nas proximidades, até que, no início do século XIX depois de uma tentativa sem sucesso, mudaram-se então mais para o norte estabelecendo-se onde hoje está o município de Cruz Alta, cuja fundação deu-se no dia 18 de agosto de 1821 em resposta a uma petição feita pelos moradores.
Cruz Alta foi elemento importante em quase todos os principais acontecimentos políticos, militares, econômicos e religiosos que o estado vivenciou. Desde as escaramuças da Revolução Farroupilha, quando o município recém criado foi alvo de incursões militares e especulações políticas em sua Câmara de Vereadores, além de receber o Alto Comando Farrapo em janeiro de 1841 com a presença de Bento Gonçalves, Giuseppe Garibaldi, Anita Garibaldi, David Canabarro, entre tantos outros. Já na Guerra do Paraguai, Cruz Alta forneceu um sem número de voluntários que pelearam sob o comando do Coronel Jango Vidal e do Brigadeiro José Gomes Portinho (depois agraciado com o título de barão da Cruz Alta) nas Companhias de Voluntários nºs 19 e 40 e da 4ª Divisão de Cavalaria. Durante a sangrenta Revolução de 1893, o município apelidada de Ninho dos Pica-paus foi um dos mais importantes palcos dos acontecimentos e o lugar onde a prática da degola neste período foi mais intensa. Milhares de pessoas tombaram pelos campos e no município, vítimas desta que foi talvez a mais sangrenta revolução da América Latina. Cruz Alta foi atacada em 26 de agosto de 1894 pelas tropas maragatas sob o comando de Aparício, irmão de Gumercindo Saraiva (morto dias antes em Carovi) com aproximadamente 1500 homens. Já na Revolução de 1923, hordas de tropas circulavam incessantemente por seu território, depois dos alinhavados permeados de conchavos registrados nas dezenas de correspondências trocadas entre Borges de Medeiros e Firmino de Paula para maquinar os destinos da Revolução.

Distrito criado com a denominação de Espírito Santo da Cruz Alta, pelo Decreto de 24-10-1832.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Espírito Santo da Cruz Alta, pela Resolução de 11-03-1833, desmembrado de Cachoeira. Sede na atual vila de Espírito Santo da Cruz Alta. Instalado em 04-08-1834.
Em virtude da Lei Provincial n.° 799, de 25-10-1872, foi criada a Comarca de Espírito Santo da Cruz Alta. Atualmente de 4.ª entrância, sua jurisdição se estende aos municípios de Ibirubá, Panambi, Santa Barbara do Sul e Pejuçara.
Pela Lei Provincial n.º 1.130, de 07-04-1878, é criado o distrito de Tupanciretã e anexado a vila de Espírito Santo da Cruz Alta.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Cruz Alta, pela Lei Provincial n.° 1.175, de 12-04-1879.
Pela Lei Municipal de 12-02-1901, é criado o distrito de Cadeado e anexado ao município de Cruz Alta.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 7 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Colônia Ijuí, Santa Bárbara, Três Capões, Tupanciretã e Valos.
Pelo Ato Municipal n.º 7, de 07-05-1914, é criado o distrito de Colônia General Osório e anexado ao município de Espírito Santo da Cruz Alta.
Pelo Ato Municipal n.° 18, 24-03-1916, é criado o distrito de Colônia Neu Wurttemberg e anexado ao município de Cruz Alta.
Pelo Ato Municipal n.° 38, de 18-02-1919, é criado o distrito de Visconde do Rio Branco e anexado ao município de Cruz Alta.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-XII-1920, o município é constituído de 9 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Colônia General Osório, Colônia New Wurttermberg, Santa Bárbara, Três Capões, Tuparecetã, Valos ou Santa Clara e Visconde do Rio Branco. Não figurando o distrito de Colônia Ijuí.
Pelo Ato Municipal n.º 13, de 22-04-1926, é criado o distrito de Colônia Quinze de Novembro e anexado ao município de Cruz Alta.
Pelo Ato Municipal n.° 215, de 24-12-1928, é criado o distrito de Rincão Serfrim e anexado ao município de Cruz Alta.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 11 distritos: Cruz Alta, Colônia Cadeado (ex-Cadeado), Colônia General Osório, Colônia New Wurttemberg (ex-Colônia New Wurttemberg), Colônia Quinze de Novembro, Rincão Serfrim, Santa Bárbara, Santa Clara, Três Capões, Tupanciretã e Visconde do Rio Branco.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.° 7.199, de 31-03-1938, os distritos Colônia General Osório Colônia New Wurttemberg, Colônia Quinze de Novembro e Rincão Serafim tomaram as seguintes denominações, respectivamente, General Câmara Pindorama, Quinze de Novembro e Alfredo Brenne. Pela referida Lei os distritos de Cadeado, Três Capões e Tupanciretã figuram como simples zonas do distrito sede de Cruz Alta.
Pelo Decreto Estadual n.° 7.643, de 28-12-1938, o distrito de Santa Bárbara passou a chamar-se Blau Nunes.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 8 distritos: Cruz Alta, Blau Nunes (ex-Santa Bárbara), Santa Clara, General Câmara (ex-Colônia General Osório), Pindorama (ex-New Wurttemberg), Quinze de Novembro, Alfredo Brenner (ex-Rincão Serfrim) e Rio Branco (ex-Visconde do Rio Branco).
Pelo Decreto Estadual n.° 7.842, de 30-06-1939, é criado novamente o distrito de Cadeado e anexado ao município de Cruz Alta. Pela referida Lei, o distrito de Santa Clara passou a chamar-se Santa Clara do Ingaí e General Câmara tomou a denominação de Ibirubá.
Pelo Decreto-lei Estadual n.° 720, de 29-12-1944, o distrito de Pindorama passou a chamar-se Panambi e Rio Branco tomou a denominação de Pejuçara.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 9 distritos: Cruz Alta, Alfredo Brenner, Blau Nunes, Cadeado, Ibirubá (ex-General Câmara), Panambi (ex-Pindorama), Pejuçara (ex-Rio Branco), Quinze de Novembro e Santa Clara do Ingaí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 9 distritos: Cruz Alta, Alfredo Brenner, Cadeado, Ibirubá, Panambi, Pejuçara, Quinze de Novembro, Santa Bárbara do Sul (ex-Blau Nunes) e Santa Clara do Ingaí.
Pela Lei Municipal n.º 9, de 22-11-1951, é criado o distrito de Fortaleza dos Valos (ex-
povoado), criado com território desmembrado do distrito de Santa Clara do Ingaí e anexado ao município de Cruz Alta.
Pela Lei Estadual n.° 2.524, de 15-12-1954, desmembra do município de Cruz Alta o distrito de Panambi. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.° 2.528, de 15-12-1954, desmembra do município de Cruz Alta os distritos de Ibirubá, Alfredo Brenner e Quinze de Novembro, para constituir o novo município com a denominação de Ibirubá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 6 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Fortaleza dos Valos, Pejuçara, Santa Bárbara do Sul e Santa Clara do Ingaí.
Pela Lei Estadual n.º 3.703, de 31-01-1959, desmembra do município Cruz Alta, o distrito de Santa Bárbara do Sul. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1960, o município é constituído de 5 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Fortaleza dos Valos, Pejuçara, Santa Clara do Ingaí.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.
Pela Lei Estadual n.° 5.156, de 15-12-1965, desmembra do município de Cruz Alta o distrito de Pejuçara. Elevado à categoria município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 4 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Fortaleza dos Valos e Santa Clara do Ingaí.
Pela Lei Estadual n.° 7.648, de 03-05-1982, foi desmembrado de Cruz Alta o distrito de Fortaleza dos Valos. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal n.º 402, de 07-04-1987, é criado o distrito de Boa Vista do Incra e
anexado ao município de Cruz Alta.
Pela Lei Municipal n.º 463, de 16-11-1987, é criado o distrito de Colônia São João e anexado ao município de Cruz Alta.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 4 distritos: Cruz Alta, Cadeado, Colônia São João e Santa Clara do Ingaí.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 4 distritos: Cruz Alta, Boa Vista do Incra, Cadeado e Colônia São João.
Pela Lei Estadual n.º 10.739, de 16-04-1996, desmembra do município de Cruz Alta o distrito de Cadeado. Elevado à categoria de município com a denominação de Boa Vista do Cadeado.
Pela Lei Estadual n.º 10.740, de 16-04-1996, desmembra do município de Cruz Alta o distrito de Boa Vista do Incra. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: Cruz Alta e Colônia São João.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.